23260 Anvendte metoder indenfor metagenomics

2024/2025

Undervisningen vil bestå at foredrag efterfulgt af øvelser som udføres på HPC computerome. Studerende vil få adgang til computerome når øvelserne kræver det. Til eksamen vil relevant materiale være det som gennemgås ved foredrag og øvelser.
Kursusinformation
Applied methods in metagenomics
Engelsk
5
Kandidat
Generel retningskompetence (MSc), Bioinformatics and Systems Biology
Retningsspecifikt kursus (MSc), Bioinformatics
Teknologisk specialisering (MSc), Bioinformatics and Systems Biology
E4A (tirs 13-17)
Campus Lyngby
foredrag efterfulgt af praktiske computerøvelser
13-uger
E4A
Mundtlig eksamen og bedømmelse af opgave(r)
Eksamineringen vil være en gruppe præsentation af en poster efterfulgt af en individuel eksaminering i poster og andet materiale gennemgået i kurset. Der gives en samlet bedømmelse
Alle hjælpemidler - med adgang til internettet
7-trins skala , intern bedømmelse
Thomas Nordahl Petersen , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf. (+45) 3588 7016 , tnpe@food.dtu.dk
Patrick Munk , Tlf. (+45) 3588 7109 , pmun@food.dtu.dk
23 Fødevareinstituttet
I studieplanlæggeren
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
Formålet med kurset er at introducere studerende til nogle af de bedste og mest benyttede metoder for at processere og analysere metagenomics data, fra rå reads til abundans og taxonomisk annotering. Fokus vil være at den studerende forstår den underliggende teori som de forskellige programmer benytter, dog er det ikke et teorikursus, men et hands-on kursus for at give en forståelse af de grundlæggende metoder som anvendes.
Alle studerende får en konto på computerome hvor man i grupper af op til 4 personer kan arbejde på et udleveret metagenom datasæt. Et datasæt per gruppe. Dette datasæt vil være baggrund for det arbejde som laves i øvelserne og senere som en del af den afsluttende poster.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • Se engelsk formulering
  • se engelsk formulering
  • se engelsk formulering
Kursusindhold
Introduktion til kursus
Sekventering, sekvensbibliotek, sekventerings platforme og fejlrate
Brug af basale unix kommandoer. Sende jobs via Portable Batch system (PBS)
Fastq format, barkoder, demultipleksing, trimming og kvalitetskontrol
Kraken familien & laveste fælles forfar: Kraken2, Braken og KrakenUniq
k-mer og KMA programmet
SNP's, kriterier for at kalde et SNP, alleler og varianter of VCF fil
Abundans mål og kompositionel data analyse
De-novo assembly med spades, gen annotering med ResFinder of Prokka
Binning og kvalitetsmål: metabat2 of VAMB
Hvordan starter man en analyse af et datasæt dvs taxonomisk annotering, checkm, GTDB-TK, mash afstande og Drep.
Arbejde på egne sekvensdata
Gennemgang af nogle af de vigtigste emner fra kursusforløbet
Sidst opdateret
02. maj, 2024