I det hurtigt udviklende område inden for genomik og sygdomsdiagnostik ved brug af sekventering udmærker Oxford Nanopore Technologies (ONT) sig som en avanceret teknologi, der muliggør realtids lang-læsningssekventering med bærbare enheder, når tilstrækkeligt udstyr er tilgængeligt. Dette kursus er designet til at udruste ph.d.-studerende og fagfolk med dybdegående viden og praktisk erfaring i brugen af ONT. Det er en port til at mestre en teknologi, der overtager genomisk forskning, diagnostik og personlig medicin.
Vi vil starte med en kort introduktion til ONT-teknologien og enhederne, med målet om at dække arbejdsgange fra biologiske prøver til sekventeringsdata for: helgenomsekventering (WGS) fra bakterier, metagenomik fra afføring og 16S rRNA sekventering fra afføring som foreløbige eksempler. Dette kursus vil dække den våde laboratorieforberedelse af HMW DNA-ekstraktioner og biblioteker fra genomisk DNA, med fokus på de kritiske trin og potentielle faldgruber og forståelse af, hvad der udgør en 'god' prøve med henblik på de bedste resultater ved brug af teknologien. Andre metoder til biblioteksforberedelse kan dækkes efter avancerede anmodninger.
Uddannelsen inkluderer også et overblik over sekventeringsplatformen og softwaren: GridION, MinION-enheder, ud over P2 Solo efter særlig anmodning.
Kort kendskab til ONT er ønskeligt, men ikke essentielt.
Kapacitet: 15-20 deltagere.

Selvom dette er et selvstændigt kursus, følges det af et ledsagende bioinformatik- og dataanalysekursus, som binder både dette bænklaboratoriekursus sammen med en tør laboratoriedel (den tørre laboratorie- og analysekursus kan findes her: 23841). En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Genkend de grundlæggende koncepter og arbejdsgange for Oxford Nanopore Sekventering som ændringer i elektrisk strøm for at repræsentere DNA-sekvenser.
• Identificer komponenterne og funktionaliteterne af ONT-enheder.
• Forklar principperne for HMW DNA-ekstraktion og vær i stand til at udføre den.
• Kobl kvaliteten af HMW DNA til Lang Læsning Sekventering kvalitet ved hjælp af ONT.
• Udfør prøveforberedelse, DNA-ekstraktion og sekventeringskørsler ved hjælp af ONT.
• Anvend ONT-teknikker til virkelige genomiske forskningsproblemer og onsite sekventering (i felten).
• Analyser og fejlfind sekventeringsdata for at vurdere kvalitet og nøjagtighed.
• Fortolk de grundlæggende dataanalyser fra sekventeringskørslerne.
• Design og gennemfør et mini-forskningsprojekt ved hjælp af ONT, og integrer teoretisk viden med praktiske færdigheder.
• Implementer ONT i dine egne forskningsspørgsmål.

Kursusstruktur:
Kurset vil omfatte meget få og korte teorisessioner for at starte dagen og introducere koncepterne. Dette efterfølges af bænkarbejde resten af dagen.
Kurset afsluttes med at anvende de lærte metoder og protokoller på deltagerens egen forskning. Vi opfordrer deltagerne to at medbringe egne prøver efter diskussion med den kursusansvarlige.
Der vil være læsemateriale (hovedsageligt protokoller), som deltagerne skal dække før kursusstart.
Kurset vil give 2 ECTS-point til ph.d.-studerende, hvilket vurderes gennem en rapport med bestået/​ikke-bestået bedømmelse (denne del er kun for ph.d.-studerende). Kurset udbydes i lige år. Næste gang i 2026.
Alle ph.d.-studerende skal kontakte kursusansvarlig for betaling af kursusomkostninger (6000 DKK).
Andre (deltagere fra industri) skal kontakte kursusansvarlig for tilmelding og betaling (8000 DKK). 29. august, 2024