I øjeblikket er brugen af hele genomsekventering (WGS) i forskningsinstitutter, hospitaler og industrier et område af central interesse for videnskabelige officerer/forskere. WGS bliver brugt/kunne bruges i flere applikationer til forskellige formål som omfatter f.eks. udbrudsundersøgelser (stammekarakterisering og klyngeanalyser), overvågning af antimikrobiel resistens (AMR) (stammekarakterisering inklusive påvisning af resistensgener, plasmider og AMR-forudsigelse), også for regulerede produkter, herunder karakterisering af mikroorganismer, der anvendes som eller producenter af fødevare- eller fodertilsætningsstoffer og eller/biopesticider (artsidentifikation, stammekarakterisering, påvisning af AMR, virulens- og toksinproduktion og andre metabolitter) og diagnosticering af mikrober i kliniske omgivelser.

Det er blevet erkendt behovet for at øge viden om WGS dataanalyse, så videnskabelige officerer/forskere kan øge deres kritiske evne og kompetence til at bruge WGS data til specifikt på det mikrobielle område.

Kurset varer 4 dage inklusive aflevering af rapport efter kurset (rapport er kun for tilmeldt ph.d.-studerende, der får karakter med bestået og ikke bestået). Den skal bestå af forelæsninger og praktisk computerøvelse, med en interaktiv og elevcentreret tilgang, med en rigtig balance mellem grundlæggende forestillinger, teori og praktiske elementer. De fleste af de bioinformatiske værktøjer, der bruges i uddannelsen, er webbaserede værktøjer. Derfor er det ikke nødvendigt at have bioinformatisk baggrund for at deltage i kurset. Derudover vil du under kurset bruge din egen computer til computerøvelserne.

Selvom dette er et selvstændigt kursus, kommer det efter et tilhørende wet-lab kursus. Det våde laboratorieforløb kan findes med kursusnummer: 23842. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Forklare og diskutere forskellige metoder til sekventering, databehandling, eksperimentelt design
• Forklar og diskuter kvaliteten af sekventeringsdata, kvalitetsparametre, beregning af gennemsnitlig læsedybde/minimum læsedybde, samling.
• Anvend webbaserede bioinformatiske metoder til at analysere WGS-data (f.eks. genfinding), SNP'er og gen-for-gen-baseret clustering),
• Anvend WGS-analysen i risikovurdering, overvågning, diagnostik og karakterisering for mikroorganismer (f.eks. taksonomi/identifikation af mikroorganismerne, antimikrobiel resistens og virulenskarakterisering, udbrudsundersøgelser).
• Forklar og diskuter processen, typen af tilgængelige bioinformatiske værktøjer
• Forklar og diskuter, hvilken information vi kan hente fra sekvensanalyse, gendetektion, sekvensjusteringsværktøjer
• Forklar og diskuter fordele og begrænsninger ved brug af WGS-tilgangen samt metagenomisk tilgang.
• Forklar og diskuter de kritiske aspekter, der skal fokuseres ved brug af WGS og de væsentligste usikkerheder forbundet.

• WGS fundamentals: hvad er WGS, hovedanvendelse, sekventeringsstrategier, prøve-/​biblioteksforberedelse, eksperimentelt design, forskellige typer bioinformatikværktøjer (online), nyudviklinger, datadeling mv.
• WGS Microbial: hvad er processen, hvilke værktøjer overvejer, f.eks.: trimning, kort- og langlæsningssamling, kvalitetsvurdering, artsidentifikation, subtypebestemmelse ved hjælp af MLST, antimikrobiel resistens, plasmid, SNP'er påvisning, gen ved genanalyse, klynge analyse, datavisualisering, metagenomisk analyse og inkorporering af WGS og Machine learning til risikovurdering og mikrobiel karakterisering. Kurset udbydes i lige år. Næste gang i 2026.
Alle ph.d.-studerende skal kontakte kursusansvarlig for betaling af kursusomkostninger (1250 DKK).
Andre (deltagere fra industri) skal kontakte kursusansvarlig for tilmelding og betaling (4000 DKK). 23. august, 2024