Overordnede kursusmål
Den studerende skal kunne løse større bioinformatiske
problemstillinger på en struktureret måde ved anvendelse af Python
i et Unix-miljø, med brug af avancerede programmeringsmetoder,
hensigtsmæssige testmetoder samt samarbejdsbaserede
versionsstyringsarbejdsgange med Git for at understøtte teamwork.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Navigere i Unix-filsystemet og udføre grundlæggende
tekstfil-manipulationer.
- Anvende avancerede Unix-kommandoer og konstruere simple
bash-scripts til automatisering.
- Bruge Git til versionering og samarbejde.
- Forklare og anvende forskellige metoder til argumentoverførsel,
scope og namespace håndtering.
- Konstruere og anvende avancerede datastrukturer ved hjælp af
relationer mellem navne, referencer og objekter.
- Forklare principperne bag grundlæggende og avanceret iteration,
herunder comprehensions og generatorer.
- Implementere nye klasser ved hjælp af magiske metoder,
indkapsling og arv.
- Udføre enhedstest ved hjælp af parameterisering, fixtures og
eksterne filer.
- Evaluere et programs køretids-skalering baseret på
inputstørrelse ved hjælp af Big-O notation.
- Evaluere eksisterende kodebaser med henblik på at forbedre
eller udvide funktionalitet og vedligeholdelse.
- Anvende strategier for brug af GAI til at understøtte
kodeudvikling, samtidig med at selvstændig problemløsning
opretholdes og egen forståelse af underliggende
programmeringskoncepter demonstreres.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til Unix, som er meget brugt
inden for bioinformatik. Du lærer grundlæggende kommandoer,
filmanipulation, input/output-omdirigering, filsystemstruktur og
procesmanipulation.Git versionering og samarbejde anvendes på Unix
platformen. Kurset bygger på den eksisterende viden om Python, og
du lærer om avancerede datastrukturer, funktioner, Pythons
objektmodel, klasser, enhedstests og runtime-evaluering. Dette sker
under en paraply af øvelser baseret på bioinformatik og
dataanalyseproblemer.
Øvelserne skal peer-evalueres. Studerende i grupper af to vil få et
mindre programmeringsprojekt i løbet af kurset, muligvis et projekt
af deres eget design. Individuelle bidrag til projektet skal
angives for at lette individuel vurdering. En studerende vil også
peer-evaluere en anden gruppes projekt.
Sidst opdateret
04. maj, 2026
