English | Log ind

22140 Introduktion til Systembiologi, BSc

2025/2026

Kurset udbydes også på kandidatniveau (22150).
Kursusinformation
Introduction to Systems Biology, BSc
Engelsk
5
Bachelor
Kurset udbydes som enkeltfag
Retningsspecifikt kursus (BSc), Life Science og Teknologi
Retningsspecifikt kursus (BSc), Teknisk Biomedicini
Teknologiske linjefag, Bioteknologi
Teknologiske linjefag, Life Science og Teknologi
Teknologiske linjefag, Teknisk Biomedicin
E1B (tors 13-17)
Campus Lyngby
Forelæsninger og øvelser
13-uger
E1B, F1B
Mundtlig eksamen og bedømmelse af opgave(r)
Eksamen består af 3 dele: 1) En 1-times skriftlig multiple-choice eksamen (MCQ) baseret på kursets overordnede læringsmål. 2) Et anvendt system-biologi projekt udført i grupper, hvor alle medlemmer er ansvarlige for alle dele af projektet. 3 3) En mundtlig gruppepræsentation af projektet. Den endelige karakter gives på baggrund af en samlet vurdering af alle tre dele af eksamen.
Alle hjælpemidler - med adgang til internettet :

Ingen hjælpemidler (inkl internet) er tillat til multiple-choice examen. Alle hjælpemidler er tilladt for gruppe projektet

7-trins skala , intern bedømmelse
27040 og 36040
27042.36042.22142.22141
(27002/27008).­27022.­27026.­(36611/22111).­22100.­22213.­27030.­ , Grundlæggende færdigheder i programmeringssproget R ELLER parallel deltagelse i kursus 22100 - R for Bio Data Science. Bemærk at opgaveløsning både til øvelser og eksamen forudsætter evnen til at programmere i R. Kendskab til basal celle- og molekylærbiologi, herunder cellens struktur, biologiske funktion, cellulære komponenter, biokemiske og molekylærbiologiske processer (metabolisme, RNA og proteinsyntese mm), DNA struktur, proteinkodende gener, den genetiske kode, primær, sekundær, tertiær og kvartenær proteinstruktur. Basal kendskab til bioinformatiske metoder og deres anvendelse, i forbindelse med indsamling og analyse af stor-skala biologisk data fra databaser såsom UniProt og GenBank.
Minimum 10
Kristoffer Vitting-Seerup , krivi@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
Formålet med kurset er at give de studerende teoretisk såvel som praktisk erfaring med hvordan, hvornår, og hvorfor man bruger systembiologiske metoder til at forstå biologiske systemer.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • forstå og beskrive de funktionelle niveauer af biologiske systemer, såsom gener, transkripter, proteiner, proteinkomplekser, pathways, celler, væv, osv.
  • forstå og beskrive det teoretiske fundament for netværksbiologiske analyser af "omics" data.
  • forstå og anvende protein-protein interaktionsdata til funktionelle analyser af biologiske systemer.
  • anvende netværksvisualiseringer i R.
  • forstå, anvende, analysere og evaluere forskellige metoder til gene set enrichment analyse (GSEA).
  • forstå og anvende genontologi (GO) til GSEA.
  • forstå, anvende, analysere og evaluere system biologiske metoder til analyse af "omics" data til biomedicinsk forskning.
  • Bruge R til at organisere, hpndtere og visualisere data
  • Som en gruppe designe og udføre et anvendt system biologi projekt
  • Tydeligt præsentere opnåede resultater mundtligt ved hjælp af passende visuelle hjælpemidler
Kursusindhold
Introduktion:
* Introduktion til systembiologi ("Systems Biology"), motivation for anvendelse af system/​netværksorienterede metoder til analyse af biologiske problematikker.
* Introduktion til netværksanalyse, inklusiv topologibaseret analyse af biologiske netværker, topologiske metrikker og algoritmer til identifikation af subnetværker.

Grundlæggende systembiologisk forskning:
* Introduktion til de vigtigste elementer af funktionel regulering.
* Visualisering af regulatoriske netværk.
* Introduktion to transcriptomics-data, samt overlejring af disse på netværk.
* Kombination af tidsserie gen-ekspressionsdata og netværk som metode til datadreven identifikation af funktionel regulering.

Anvendt systembiologi i biomedicinsk forskning:
* Kombination af protein-protein-interaktionsdata fra flere modelorganismer med henblik på at opnå bedre dækning af humane interaktioner ("inferred human interactome").
* Begreberne "virtual pulldowns" og "relevance scored networks" (0. og 1. ordens filtrering)
* Vigtigheden af proteinisoformer i systembiologisk kontekst.
* Analyse af molekylære netværk specifikke for forskellige humane sygdomme.
Sidst opdateret
28. juli, 2025