Overordnede kursusmål
Hele genom-sekventering og bioinformatik er blevet anvendt med
succes i forskellige analyser af infektiøse sygdomme såsom
udbruddsundersøgelse og epidemisk dynamik. Teknologien er blevet så
billig, at sekvenseringsplatforme flytter ind på hospitaler og
fødevaresikkerhedslaboratorier for at forhindre og kontrollere
infektionssygdomme. Udfordringen er ikke længere at generere
sekvenserne, men snarere at analysere dem og udtrække den relevante
information fra de store mængder sekventeringsdata.
Efter at have fulgt dette kursus vil du være i stand til at
redegøre for den biologiske og genetiske baggrund for forskellige
mikroorganismer, der forårsager smitsomme sygdomme. Ved at bruge og
oprette en række metoder vil du desuden lære at analysere og
fortolke mikrobielle helgenometdata i relation til smitsomme
sygdomme og fødevaresikkerhedsspørgsmål.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Kunne bruge hele genom-sekventeringsdata fra forskellige
sekventeringsteknologier til at kontrollere kvalitet, beskæring,
kortlægning, justering og samling ved hjælp af
kommandolinjebaserede bioinformatikmetoder.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at analysere arter,
undertypning, identificere antimikrobiel resistens og andre vigtige
genmarkører.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at konstruere fylogeni
til epidemiologiske undersøgelser, langsigtet udvikling og
storskala fylogeni.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at bestemme større og
mindre mutationer i patogengenomer.
- Anvend kommandolinjebaserede metoder til at identificere og
analysere kerne-genom, tilbehørsgener og pan-genom.
- Kunne downloade og dele sekventeringsdata fra / til offentlige
databaser.
- Evaluer de enkelte komponenter i bioinformatiske arbejdsgange
og rørledninger.
- Anvende avancerede metoder og værktøjer til at analysere og
fortolke genomiske data fra mennesker og forskellige reservoirer
(dyr, mad og miljø) og forberede sådanne data til epidemiologiske
analyser og modellering.
Kursusindhold
Sekventeringsteknologier, sekvenseringskvalitet, trimning og
samling ved hjælp af kommandolinjeværktøjer
Justering og kortlægning inklusive håndtering af læst
sekventeringsdata
Fremstilling af Finder-værktøjer med eksempel på identifikation af
arter, MLST, antimikrobiel resistens, virulensgener og plasmid ved
hjælp af kommandolinjebaserede metoder
SNP-trækonstruktion ved hjælp af kommandolinjebaserede metoder og
fylogenivisualisering
Konstruktion af cgMLST / wgMLST træ og storskala fylogeni
Langvarig fylogeni ved hjælp af BEAST
Bestemmelse af større og mindre mutationer i sekventeringsdata
Pan-genom-analyse inklusive kerne- og tilbehørgener
Betydningen af deling af sekventeringsdata, hvordan man downloader
og deler sekventeringsdata fra / til offentlige databaser
Behandling, analyse og forberedelse af genomiske data til
epidemiologiske analyser og modellering
Sidst opdateret
02. maj, 2024