22163 Unix & Python Programming for bioinformatikere, MSc

2024/2025

Ved behov for introduktion til Python, se 22101 (BSc) eller 22161 (MSc) som er en stærkt anbefalet forudsætning til 22163. OBS: 22163 eksisterer også som bachelorversion (22113).
Kursusinformation
Unix & Python Programming for Bioinformaticians, MSc
Engelsk
10
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
Retningsspecifikt kursus (MSc), Bioinformatics
Retningsspecifikt kursus (MSc), Quantitative Biology and Disease Modelling
Teknologisk specialisering (MSc), Quantitative Biology and Disease Modelling
F2 (man 13-17, tors 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger og computerøvelser
13-uger
F2A
Skriftlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
Obligatoriske øvelser - mindst 10 sæt ud af 12 skal afleveres rettidigt for at gå til eksamen (peer-evaluering inkluderet). Den endelige bedømmelse er baseret på en helhedsvurdering af skriftlig eksamen (50%) og gruppeprojekt med individualisering (50%). Begge skal bestås for at bestå kurset.
Skriftlig eksamen: 4 timer
Alle hjælpemidler - uden adgang til internettet :

Der er ikke åbent internet under eksamen. Studerende skal medbringe deres egen pc.

bestået/ikke bestået , intern bedømmelse
22113
22101/22161 , Praktisk erfaring i Python programmering på niveau med kursus 22101/22161. Henvendelse til kursusansvarlig i tvivlspørgsmål.
Peter Wad Sackett , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf. (+45) 4525 2097 , pwsa@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
https://teaching.healthtech.dtu.dk/22113/
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
Den studerende skal være i stand til at skrive Python programmer i et Unix miljø for at løse bioinformatiske opgaver på struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde. Det er vigtigt mål at lære den studerende, hvordan man tænker omkring programmering.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • anvende Unix kommandoline med 10-15 almindelige Unix kommandoer, inklusiv filsystem navigation, pipelines, proces- og filsystem-kontrol.
  • demonstrere og forklare anvendelsen af Python syntaks, objektmodel, datastrukturer, klasser og 65-70 Python funktioner/metoder.
  • udøve mønstergenkendelse i (bioinformatiske) datafiler med henblik på at udtrække information.
  • anvende metoder/​programmmeringsteknikker demonstreret i kurset på lignende problemer.
  • analysere et (programmerings)problem og fastslå dets komponenter, samt konstruere en effektiv løsning ved at anvende de rigtige komponenter i den rigtige rækkefølge.
  • analysere et program og, baseret på dets opførsel, finde og udrydde fejl.
  • evaluere kvaliteten af kode baseret på kriterier vist i kurset, og demonstrere at koden opfylder en kvalitetsstandard ved anvendelse af unit-test teknikken.
  • skrive klar, præcis og veldokumenteret kode, som er anvendelig i større samarbejdsmæssige sammenhæng.
  • evaluere effektiviteten af kode med hensyn til hastighed og hukommelsesforbrug ved anvendelse af Big O notationen.
  • anvende kode-biblioteker, både videnskabelige og andet, til hurtig og god løsning af programmeringsopgaver.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til Unix, som anvendes bredt i bioinformatik. De studerende lærer basale kommandoer, filmanipulation, input/output omdirigering, filsystemstruktur og proces manipulation. Der bygges ovenpå den eksisterende viden om Python, og de studerende lærer om regulære udtryk, avancerede datastrukturer, funktioner, Pythons objektmodel, klasser, unittest, og videnskabelige biblioteker. Dette sker under en paraply af øvelser baseret på bioinformatiske og dataanalytiske problemstillinger.
Øvelserne skal peer-evalueres og er integrerede med forelæsningerne. De studerende skal i tomandsgrupper udarbejde et mindre programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv designer. Individuelle bidrag til projektet skal angives for at muliggøre individuel bedømmelse. En studerende skal også peer-evaluere en anden gruppes projekt.
Bemærkninger
Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.
Sidst opdateret
02. maj, 2024