22126 Next-Generation-Sequencing Analyse

2024/2025

Kurset er obligatorisk på kandidatuddannelsen i Bioinformatik og Systembiologi. Studerende på denne studieretning har derfor førsteprioritet.
Kursusinformation
Next-Generation-Sequencing Analysis
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
Generel retningskompetence (MSc), Bioinformatics and Systems Biology
Retningsspecifikt kursus (MSc), Bioinformatics and Systems Biology
Retningsspecifikt kursus (MSc), Pharmaceutical Design and Engineering
Retningsspecifikt kursus (MSc), Quantitative Biology and Disease Modelling
Teknologisk specialisering (MSc), Pharmaceutical Design and Engineering
Teknologisk specialisering (MSc), Quantitative Biology and Disease Modelling
Januar
Campus Lyngby
Forelæsninger, computerøvelser og projektarbejde
3-uger
Sidste dag i 3-ugers perioden
Skriftlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
Eksamen består af to delprøver: et projekt og en efterfølgende poster (25 %) og en endelig skriftlig eksamen (75 %). Den endelige karakter er baseret på en helhedsvurdering af begge delprøver. Aflevering af projekt og poster er en forudsætning for at gå til den skriftlige eksamen.
Skriftlig eksamen: 3 timer
Ingen hjælpemidler
7-trins skala , intern bedømmelse
27626 og 36626
36826.22176
27002/27008/27230/27430/22101 , Elementære kommandolinjefærdigheder (f.eks lokalisere eller kopiere filer etc.) Vi anbefaler, at studerende opfrisker deres viden om molekylærbiologi inden kurset, så de forstår strukturen af DNA og den centrale dogme inden for molekylærbiologi (DNA->RNA->protein).
Minimum 5 Maksimum: 96
Gabriel Renaud , Lyngby Campus, Bygning 204 , gabre@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
I studieplanlæggeren

Eksterne kan tilmelde sig via ( https:/​/​www.dtu.dk/​uddannelse/​efteruddannelse/​kurser/​enkeltfagskurser).
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Et EuroTeQ kursus
Overordnede kursusmål
På dette kursus vil du lære de centrale begreber inden for Next Generation Sequencing (NGS) og deres beregningsmæssige analyse. Next-Generation Sequencing (NGS) teknologier har transformeret den måde, som biologisk forskning bliver udført på og bliver i dag anvendt indenfor næsten alle biologiske felter til banebrydende opdagelser. I dag kan et menneskes genom sekventeres på meget kort tid og til en pris på under $1000, hvilket giver hidtil usete muligheder for at undersøge menneskelige træk, evolution og sygdomme. Derudover kan arvemasse af hele mikrobielle samfund sekventeres og sammenspil med natur studeres, hvilket har ledt til opdagelsen af nye brugbare enzymer og organismer. Da disse forsøg producerer store mængder af data, er bioinformatiske kompetencer og supercomputere altafgørende for analyserne. Formålet med kurset er at give de studerende kendskab til NGS teknologi med fokus på analyse af data. Kurset vil kvalificere de studerende til at forstå NGS data og sætte dem i stand til at analysere disse ved hjælp af Unix/Linux baserede systemer og programmer. Den sidste halvdel af kurset er projektarbejde, der er baseret på de studerendes egen data eller data fra offentlige databaser.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • forklare anvendelserne af de forskellige NGS-teknologier, herunder svagheder og styrker ved de forskellige tilgange.
  • forklare de trin, der er involveret i en generel NGS-dataanalyse.
  • forklare de vigtigste teoretiske begreber bag justering og de novo samling.
  • anvende programmer i et Unix-miljø til analyse af NGS-data.
  • forstå, hvorfor visse trin udføres i en specifik rækkefølge i NGS-workflows.
  • strukturere et lille forskningsprojekt ved hjælp af eksisterende NGS-data.
  • bruge den viden, du har fået under forelæsningerne og øvelserne, til et mindre forskningsprojekt
  • lære at uddelegere opgaver i en gruppe for at afslutte et mindre projekt og kommunikere resultaterne på en plakat.
Kursusindhold
Teknologien bag nuværende NGS-metoder; Kvalitetskontrol; Fejlkorrektion; Justering; BAM-behandling; Genotyping; SNPs, Indels, de novo samling; Menneskelig sekventering; Bakteriesekventering; Gamle DNA; Metagenomik; Genomisk epidemiologi; RNA-sekventering; Exome-sekventering; Forberedelse af et projekt, hvor NGS-data analyseres; præsentation af poster.
Sidst opdateret
02. maj, 2024