Overordnede kursusmål
Kurset sigter på at gøre de studerende i stand til at analysere
proteiners struktur og funktioner med henblik på rationelt design
af lægemidler, og forståelse af sygdomsrelaterede mutationer. Dette
inkluderer praktiske computerøvelser i at konstruere og evaluere
modeller af proteiner, for hvilke der endnu ikke findes
eksperimentelle strukturer, da dette gør det muligt at forudsige
biologiske egenskaber for nye proteiner.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- gengive de 20 naturlige aminosyrer samt redegøre for deres
strukturelle og kemiske egenskaber.
- redegøre for proteiners basale strukturelementer samt deres
egenskaber.
- vurdere eksperimentelle proteinstrukturers og modellers
kvalitet.
- navigere PDB strukturdatabasen og betjene de basale funktioner
i programmet PyMOL til visualisering af proteiners tredimensionelle
struktur.
- konstruere en model af et protein med ukendt struktur og
analysere dem.
- forudsige effekten af punktmutationer på interaktioner med
ligander, konformationsændringer eller andre strukturelle
egenskaber.
- designe og udvikle en videnskabelig artikel og lære principper
for peer-review.
- lære det grundlæggende i at arbejde med
kommandolinjeværktøjer.
Kursusindhold
Proteiners struktur fra primær til kvaternær, eksperimentel
bestemmelse af proteinstruktur, strukturel genomik, forudsigelse af
sekundærstruktur, overfladetilgængelighed m.m., fold-genkendelse,
homologimodellering og de novo modellering, strukturvalidering,
proteinstrukturanalyse, ”protein engineering”, molekylære
dynamik-simuleringer.
Bemærkninger
Projektarbejdet i slutningen af kurset udføres i små selvvalgte
grupper sammensat af studerende med forskellige baggrunde og
afsluttes med videnskabelige artikler.
Afleveringsopgaverne (2) omhandler hovedsagligt
proteinstrukturvisualisering med programmet PyMOL. Modellerne vil
blive forudsagt med HHPred og AlphaFold2. Mutationsscanningerne vil
blive udført ved hjælp af FoldX eller lignende.
Til en del af øvelserne og i projektarbejdet vil vi arbejde på en
Linux Cluster ved hjælp af terminal- og kommandolinjebaseret
software.
Sidst opdateret
02. maj, 2024