Applied Single Cell Bioinformatics | |
Engelsk | |
5 | |
Kandidat Kurset udbydes som enkeltfag Retningsspecifikt kursus (MSc), Bioinformatics Retningsspecifikt kursus (MSc), Quantitative Biology and Disease Modelling Teknologisk specialisering (MSc), Bioinformatics and Systems Biology |
Januar
| |
Campus Lyngby | |
Kurset afholdes som et "flipped classroom", dvs. at du forbereder dig hjemmefra ved at læse materiale, se forelæsninger osv., for at sikre, at en større del af selve undervisningstiden kan bruges på øvelserne | |
3-uger | |
Sidste dag(e) i 3-ugersperioden, Den skriftlige eksamen bliver afholdt halvvejs i kurset - lige før projektet starter (se beskrivelse) | |
Skriftlig og mundtlig eksamen
Eksamen består af 3 dele: 1) En skriftlig MCQ eksamen af en times varighed hvor der eksamineres i kursets generelle læringsmål. 2) Et Single-cell analyse gruppeprojekt hvor alle medlemmer er ansvarlige for alle dele af projektet. 3) En mundtlig gruppepræsentation af projektet. Den endelige karakter er baseret på en samlet vurdering af alle deleksaminer. | |
Skriftlig eksamen: 1 time | |
Ingen hjælpemidler :
Ingen hjælpemidler er tilladt til multiple choice eksamen. Alle hjælpemidler er tilladt under gruppeprojektet | |
7-trins skala , intern bedømmelse | |
22101.22100.22126 , Viden om celler, celletyper, cellestruktur, deres biologiske funktion, subkomponenter, biokemiske og molekylære processer (metabolisme, RNA- og proteinsyntese). Viden om next generation sequencing (NGS), mapping and mapping QC. I hele kurset vil vi bruge R til at organisere, analysere og visualisere data. Det betyder også, at vi forventer, at du allerede er fortrolig med programmering i R. Du har ikke tid til at lære det i løbet af dette kursus. Hvis du ikke ved, hvordan man løser grundlæggende opgaver inden for data manipulation i R (eksempler nedenfor), bliver du nødt til at lære det FØR du tager dette kursus for at kunne følge med. Eksempler på dataanalyse, som du skal kunne foretage i R før kursusstart (uden at slå det op online): • Samle to datasæt baseret på en fælles identifikator • Udføre en gruppebaseret operation af data baseret på en grupperingskolonne • Udføre per-række eller per-kolonne operation uden brug af løkker • Bruge ggplot2 til at visualisere data, f.eks. et spredningsdiagram, hvor punkter er farvekodet efter kategori | |
Minimum 10 |
Kristoffer Vitting-Seerup ,
krivi@dtu.dk | |
Lars Rønn Olsen , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf.
(+45) 4525 2425 ,
lronn@dtu.dk | |
22 Institut for Sundhedsteknologi | |
I
studieplanlæggeren |