27423 Metabolom- og proteomanalyse

2023/2024

Kursusinformation
Metabolomics and proteomics
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
E3A (tirs 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger, opgaver, litteratursøgning, gruppearbejde og studenterfremlæggelser
13-uger
E3A
Mundtlig eksamen
Karakteren gives på baggrund af den mundtlige eksamen.
Uden hjælpemidler
7-trins skala , intern bedømmelse
27412
27412
26400/27022
Minimum 10
Ling Ding , Lyngby Campus, Bygning 221 , lidi@dtu.dk
Thomas Ostenfeld Larsen , Bygning 223, Tlf. (+45) 4525 2632 , tol@bio.dtu.dk
Ulrich auf dem Keller , uadk@dtu.dk
Erwin Schoof , Lyngby Campus, Bygning 116B, Tlf. (+45) 4525 2059 , erws@dtu.dk
27 Institut for Bioteknologi og Biomedicin
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
At give de studerende et overblik over hovedtyper af naturstoffer og proteiner som mikroorganismer og planter kan biosyntetisere, og hvorledes de kan ekstraheres og forberedes til efterfølgende kemisk analyse. Hovedformålet med kurset er at give de studerende en solid forståelse for kromatografi og analytiske metoder med særligt fokus på analyse og detektion af både kendte og ukendte stoffer ved hjælp af masse spektrometri. Kurset henvender sig til biotek, kemi og farmatek studerende, samt studerende med interesse for analytisk organisk kemi.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Gøre rede for de basale principper for prøveforberedelse af små organiske molekyler og proteiner, som f.eks. fast fase ekstraktion (SPE).
  • Forklare de basale principper bag kromatografi (LC, GC) herunder brug af forskellige relevante kolonne typer.
  • Gøre rede for de grundlæggende principper bag diode array detektion (DAD) of masse spektrometri (f.eks. QTOF) koblet til Flydende kromatografi (LC-DAD-MS).
  • Forklare betydningen af nøjagtig massebestemmelse.
  • Anvende standard kromatografisk/​spektroskopisk software til dataanalyse.
  • Sammenligne data fra mikrobielle ekstrakter med spektroskopisk information i databaser.
  • Gøre rede for de basale principper bag kvantitativ analyse af naturstoffer (f.eks. mykotoksiner).
  • Forklare principperne bag massespektrometri (f.eks. Orbitrap og MALDI TOF) baseret analyse af proteiner.
  • Beskrive de grundlæggende workflow i proteomanalyser.
  • Gøre rede for de forskellige metoder til kvantitative proteomanalyser, herunder med og uden brug af mærkede aminosyrer.
  • Forklare de basale principper for MS-baseret proteomdataanalyse.
Kursusindhold
Industriel produktion af små organiske molekyler (herunder naturstoffer) og proteiner ved hjælp af mikrobielle cellefabrikker forventes at stige i de kommende år. Eksempler på dette er nye antibiotika, anti-cancer stoffer, små antimikrobielle proteiner og fødevare ingredienser som farvestoffer, antistoffer og vitaminer. Andre stoffer er giftige for mennesker og skal derfor undgås og kontrolleres for i levnedsmidler.
Dette kursus vil gennemgå de vigtigste moderne metoder til at analysere både små molekyler og større proteiner, især baseret på væskekromatografi koblet massespektrometri. Undervisning vil være baseret på forelæsninger, opgaveløsning og gruppearbejde.
Sidst opdateret
04. maj, 2023