Kurset vil give deltagerne dyb indsigt i, hvordan proteiner bestemmes og beskrives i 3 dimensioner. Deltagerne vil få kendskab til og erfaring med krystallisering og røntgenstrukturbestemmelse, samt forståelse for hvilke statistiske metoder, der benyttes til validering af proteinstrukturer. Du vil enten arbejde med egne data, eller downloade rå røntgendata fra offentligt tilgængelige databaser. Du vil lære hvordan man selvstændigt behandler og optimerer modellen med de nyeste strukturbehandlingsprogrammer, såsom Coot og forfiningsprogrammerne Phenix.
Kurset vil give en indføring i grundlæggende strukturkemiske begreber samt hvordan røntgen og synchrotron bestråling anvendes til bestemmelse af proteiners struktur. Deltagerne vil efter kurset være i stand til at fortolke og anvende strukturkemiske resultater og databaser og have fået grundig opgavebaseret indføring i antibiotika binding sites, rational protein redesign, protein-protein komplekser og forståelse for enzymatiske aktive sites. Man vil få indblik i, hvordan man skriver sit eget script til pymol. Samt indblik i hvordan proteinstruktur-databasen kan anvendes som biokemisk værktøj til at dirigere biokemiske forsøg eller danne basis for nye strukturbaserede hypoteser. Kurset vil desuden beskrive de nye muligheder som model forudsigelses programmet alphafold2 har givet strukturel biologien. Hvordan alphafold kan optimere udbyttet af allerede eksisterende x-ray data og hvordan alphafold bruges i forbindelse med protein komplekser samt til forudsigelse af strukturel Bioengineering af therapeutics i anvendt forskning En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• bedømme, evaluere og kritisere kvaliteten af en publiceret proteinstruktur
• finde og hente publicerede data med henblik på evaluering og gen-forfining
• kritisk vurdere og sammenligne proteinstrukturer fra litteraturen eller databaser med strukturdata fra eget projekt
• beskrive og forstå de underliggende principper for opbygning af krystalline strukturer i termer af symmetrier, rumgrupper og enhedsceller
• beskrive og forstå grundlæggende røntgenspredningsteori, definere det reciprokke gitter og relatere det til det direkte gitter
• udlede og udvikle hypoteser til optimeret proteindesign baseret på strukturel analyse
• udføre strukturelle sammenligninger og evaluere konsekvenserne ved forskelle i data kvalitet
• opsætte et krystallisationsforsøg og vurdere fremtidige forsøgsopsætninger
• forklare hvordan en proteinstruktur løses ved hjælp af røntgendiffraktion
• evaluere alphafold2 modeller versus krystallografisk bestemte modeller
• forstå hvordan alphafold2 modeller har fremmet strukturel biologi

Primær, sekundær, tertiær og kvarternær struktur af proteiner og andre makromolekyler. Analyse af molekylære bindings motiver, såsom hvordan man skelner mellem vand, chlorid, og metaller ved brug af publiseret diffraktion data, eksempler på små molekyle binding og katalytiske aktive sites. Fundamental symmetrilære, herunder symmetrioperationer, krystalsystemer og rumgruppenotation. Eksperimentelt arbejde med krystallisering og test af krystalkvalitet. Løsning af proteinstrukturer ved hjælp af røntgendiffraktion, kryo elektronmikroskopi og småvinkel spredning. Strukturvalidering og læsning af strukturartikler. Teori for røntgenspredning fra krystaller. Samt udførsel af skripts til pymol. Crystallography Made Crystal Clear
A Guide for Users of Macromolecular Models
A volume in Complementary Science
Book • Third Edition • 2006 Det forventes, at de studerende medbringer deres personlige computer og har ca. 2 gb plads til at installere de nødvendige programmer 25. januar, 2023