27303 Metoder i proteinkarakterisering

2022/2023

Kurset kører sidste gang i E22.
Kursusinformation
Techniques in protein characterization (TIPC)
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
E2A (man 13-17)
Campus Lyngby
Foredrag. opgaveregning og røngtenstruktur forfiningsøvelse
13-uger
E2A
Mundtlig eksamen
Deltagelse i den mundtlige eksamen forudsætter afleveret skriftlig opgave. Karakteren for denne opgave tæller 25% af den endelige karakter.
25 min
Skriftlige hjælpemidler er tilladt :

Lukket internet.

7-trins skala , ekstern censur
27301
27022 , Grundlæggende forståelse af biokemi og protein kemi
Minimum 16
Jens Preben Morth , Lyngby Campus, Bygning 224 , premo@dtu.dk
Peter Westh , Lyngby Campus, Bygning 224, Tlf. (+45) 4525 2641 , petwe@dtu.dk
Maher Youssef Abou-Hachem , Lyngby Campus, Bygning 224, Tlf. (+45) 4525 2732 , maha@bio.dtu.dk
Karin Birte Svensson , Lyngby Campus, Bygning 224, Tlf. (+45) 4525 2740 , bis@bio.dtu.dk
Kasper Planeta Kepp , Tlf. (+45) 4525 2409
27 Institut for Bioteknologi og Biomedicin
I studieplanlæggeren
Dette kursus giver den studerende en mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
Kurset introducerer udvalgte metoder, der bruges til at karakterisere struktur, stabilitet og interaktioner af proteiner. Vi vil arbejde med både de teoretiske grundlag for måleprincipperne, anvendelse af metoderne og kritisk vurdering af resultaterne. Kurset vil tilbyde en grundig diskussion af de kræfter og mekanismer, der ligger til grund for konformations stabiliteten af proteiner og hvad der driver protein-ligand interaktioner. Kurset vil præsentere en moderne opfattelse af, hvordan metodevalg udføres forud for forsøgsplanen i proteinvidenskab, og hvordan analysen af de indsamlede og behandlede data driver beslutningsprocessen frem mod det næste valg af metode.

Kurset vil tilbyde: Introduktion til proteinfoldning, fleksibilitet og molekylær struktur og hvordan samspillet mellem disse funktioner påvirker proteinfunktionen inden for forskellige områder af biokemi og bioteknologi. Indsigt i, hvordan proteinfoldning og posttranslationelle modifikationer påvirker rekombinant produktion af proteiner. Forståelse for, hvordan bioanalytiske teknikker anvendes til proteinidentifikation og karakterisering. Forståelse for forholdet mellem funktion og struktur for membrantransportere. Erfaring med projektarbejde, skriftlig og mundtlig kommunikation af videnskabelige data.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Evaluere fordele og ulemper ved forskellige metoder inden for proteinvidenskab.
  • Designe basale studier af proteiners struktur, stabilitet, funktion og interaktioner.
  • Evaluere måleprincipper i proteinvidenskabelige kernemetoder.
  • Diskutere grundlæggende proteinstrukturbestemmelser og deres anvendelse.
  • Beskrive de grundlæggende mekanismer bag proteinfoldning og -fleksibilitet og udlede virkningen heraf på molekylefunktion.
  • Redegøre for de grundlæggende mekanismer bag proteininteraktioner.
  • Skitsere hvordan proteom-teknikker anvendes til analyse af komplekse blandinger af proteiner.
  • Anvende og evaluere original litteratur.
Kursusindhold
Kurset anvender lærebogen: Biophysical Chemistry af Klostermeier og Rudolph (CRC Press 2017). Vi vil fokusere den del i på bogen som omhandler "Metoder" (del IV), men henvise til andre afsnit om proteiners struktur og funktion. Kurset indeholder også en grundlæggende og praktisk introduktion til principperne inden for spektroskopi, termodynamik, kinetik, spredning og beregningsanalyser, der ligger til grund for metoderne. Kurset dækker en bred vifte af områder inden for proteinvidenskab, herunder proteinstruktur og foldning, post-translationelle modifikationer, protein-protein og protein-ligand interaktioner, proteinteknik, proteomanalyse og rekombinant proteinproduktion. Kurset vil indeholde en praktisk del som vil indføre studenterne i forfinning og røngten struktur evaluering af originale data. Studenter vil blive præsenteret for udvalgte tekniker de kan blive eksamineret i og vil blive bedt om at have korte præsentationer klar til hver af teknikerne. Til den egentlige mundtlige eksamen vil de ved lodtrækning vælge en teknik og skal herefter fremlægge den tilhørende præsentation som de har forberedt på forhånd.
Sidst opdateret
22. marts, 2023