Overordnede kursusmål
Formålet med kurset er at give de studerende teoretisk såvel som
praktisk erfaring med hvordan, hvornår, og hvorfor netværkbiologisk
analyse kan anvendes til analyse af biologiske systemer.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Forstå de funktionelle niveauer af biologiske systemer, såsom
gener, transkripter, proteiner, proteinkomplekser, pathways,
celler, væv, osv.
- Forstå det teoretiske fundament for netværksbiologiske analyser
af "omics" data.
- Forstå og anvende protein-protein interaktionsdata til
funktionelle analyser af biologiske systemer
- Forstå de forskellige high-throughput metoder til analyser af
protein-protein interaktion (f.eks. Y2H, AP-MS, osv.)
- Anvende netværksvisualiseringer ved hjælp af software
pakker
- Forstå, anvende, analysere og evaluere forskellige methoder til
gene set enrichment analyse (GSEA)
- Forstå og anvende genontologi (GO) til GSEA
- Forstå, anvende, analysere og evaluere relevant information fra
UniProt og NCBI databaserne
- Forstå, anvende, analysere og evaluere netværksbaserede metoder
til integration af "omics" data til biomedicinsk
forskning
Kursusindhold
Introduktion:
* Introduktion til systembiologi ("Systems Biology"),
motivation for anvendelse af system/netværksorienterede metoder
til analyse af biologiske problematikker.
* Eksperimentelt datagrundlag for konstruktion af
protein-protein-interaktionsnetværk. Fordele og ulemper ved de
forskellige teknologier.
* Introduktion til netværksanalyse, inklusiv topologibaseret
analyse af biologiske netværker, topologiske metrikker og
algoritmer til identifikation af subnetværker.
Cellecyklus med gær som modelorganisme
* Introduktion til de vigtigste elementer af funktionel regulering
* Visualisering af regulatoriske netværk.
* Introduktion to transcriptomics-data, samt overlejring af disse
på netværk.
* Kombination af tidsserie gen-ekspressionsdata og netværk som
metode til datadreven identifikation af funktionel regulering.
Systembiologisk forskning i human sygdomme
* Kombination af protein-protein-interaktionsdata fra flere
modelorganismer med henblink på at opnår bedre dækning af humane
interaktioner ("inferred human interactome").
* Vigtigheden af protein isoformer i systembiologisk kontekst
* Vævsspecifikke data: Molekylære netværk specifikke for
forskellige humane sygdomme.
Sidst opdateret
24. august, 2022
