Overordnede kursusmål
Den studerende skal være i stand til at skrive Python programmer i
et Unix miljø for at løse bioinformatiske opgaver på struktureret
vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde. Det er vigtigt mål at
lære den studerende, hvordan man tænker omkring programmering.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Anvende Unix kommandoline med 10-15 almindelige Unix
kommandoer, inklusiv filsystem navigation, pipelines, process- og
filsystem-kontrol.
- Demonstrere og forklare anvendelsen af Python syntaks, objekt
model, datastrukturer, klasser og 65-70 Python
funktioner/metoder.
- Udøve mønstergenkendelse i (bioinformatiske) data filer med
henblik på at udtrække information.
- Anvende metoder/programmmeringsteknikker demonstreret i kurset
på lignende problemer.
- Analysere et (programmerings)problem og fastslå dets
komponenter, samt konstruere en effektiv løsning ved at anvende de
rigtige komponenter i den rigtige rækkefølge.
- Analysere et program og baseret på dets opførsel, finde og
udrydde fejl.
- Evaluere kvaliteten af kode baseret på kriteria vist i kurset,
og demonstrere at koden opfylder en kvalitetsstandard ved at
anvendelse af unit-test teknikken.
- Skrive klar, præcis og veldokumenteret kode, som er anvendelig
i større samarbejdsmæssige sammenhæng.
- Evaluere effektiviteten af kode med hensyn til hastighed og
hukommelsesforbrug ved anvendelse af Big O notationen.
- Anvende kode-biblioteker, både videnskabelige og andet, til
hurtig og god løsning af programmeringsopgaver.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til Unix, som anvendes bredt i
bioinformatik. Man lærer basale kommandoer, fil-manipulation,
input/output redirection, filsystemstruktur og process
manipulation. Der bygges ovenpå den eksisterende viden om Python,
og man lærer om regulære udtryk, avancerede datastrukturer,
funktioner, Pythons objektmodel, klasser, unittest, og
videnskabelige biblioteker. Dette sker under en paraply af øvelser
baseret på bioinformatiske og dataanalytiske problemstillinger.
Øvelserne skal peer-evalueres og er integrerede med
forelæsningerne. De studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre
programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv
designer. Individuelle bidrag til projektet skal angives for at
muliggøre individuel karaktergivning. En studerende skal også
peer-evaluere en anden gruppes projekt.
Bemærkninger
Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.
Sidst opdateret
20. marts, 2023
