22110 Python og Unix for bioinformatikere

2022/2023

Kurset kører for sidste gang i efterår 2022.
Der vil fremadrettet blive udbudt to kurser indenfor Python. 22101 er en introduktion til Python og vil køre fra efterår 2022. Kurset er anbefalet forudsætning for det mere avancerede kursus 22113, som bliver udbudt fra foråret 2023.
Kursusinformation
Python and Unix for Bioinformaticians
Engelsk
10
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
E2 (man 13-17, tors 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger og computerøvelser
13-uger
E2A, F2A
Skriftlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
Obligatoriske øvelser - mindst 10 sæt ud af 12 skal afleveres rettidigt for at gå til eksamen (peer-evaluering inkluderet). Eksamen (50%), projekt (50%). Begge skal bestås for at bestå kurset.
Skriftlig eksamen: 4 timer
Alle hjælpemidler er tilladt :

Digital eksamen med åbent internet.

bestået/ikke bestået , intern bedømmelse
27610 og 36610
Peter Wad Sackett , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf. (+45) 4525 2427 , pwsa@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
http://teaching.healthtech.dtu.dk/22110/
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
Den studerende skal være i stand til at skrive Python programmer i et Unix miljø for at løse mindre bioinformatiske opgaver på struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde. Det er vigtigt mål at lære den studerende, hvordan man tænker omkring programmering.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Anvende Unix kommandoline med 10-15 almindelige Unix kommandoer, inklusiv filsystem navigation og pipelines.
  • Demonstrere og forklare anvendelsen af Python syntaks, objekt model, datastrukturer og 65-70 Python funktioner/metoder.
  • Udøve mønstergenkendelse i (bioinformatiske) data filer med henblik på at udtrække information.
  • Anvende metoder/​programmmeringsteknikker demonstreret i kurset på lignende problemer.
  • Analysere et (programmerings)problem og fastslå dets komponenter.
  • Konstruere en effektiv løsning til et problem ved at anvende de rigtige komponenter i den rigtige rækkefølge.
  • Analysere et program og baseret på dets opførsel, finde og udrydde fejl.
  • Evaluere effektiviteten af kode med hensyn til hastighed og hukommelsesforbrug ved anvendelse af Big O notationen.
  • Skrive klar, præcis og veldokumenteret kode, som er anvendelig i større samarbejdsmæssige sammenhæng.
  • Evaluere kvaliteten af kode baseret på kriteria vist i kurset.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og programmeringssproget Python, og følger basale programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og input/output redirection. I Python dækkes forskellige løkke- og kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (lists og dictionaries), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og manipuleret. En stor del af kurset er brugt på peer-evaluerede computerøvelser, som er integreret med forelæsningerne. De studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv designer. Individuelle bidrag til projektet skal angives for at muliggøre individuel karaktergivning. En studerende skal også peer-evaluere en anden gruppes projekt.
Bemærkninger
Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.
Sidst opdateret
15. marts, 2023