27815 Analytisk mikrobiel naturstofkemi og biosyntese

2021/2022

Kurset udbydes hvet andet år - næste gang i januar 2023
Kursusinformation
Analytical microbial natural product chemistry and biosynthesis
Engelsk
5
Ph.d., Fagligt fokuseret kursus
Kurset udbydes som enkeltfag
Januar
2 uger i januar hvert andet år.
I 2023: Start sandsynligvis d. 11 januar, slut d. 20 januar.
(kursets varighed: 10 dage ca. 9 timer/dag inkl. 1 weekend og hjemmearbejde).
Campus Lyngby
Afhængigt af den kommende udvikling af Covid-19 pandemien, kan det være at kurset udbydes online i stedet for på DTU.
Forelæsninger, seminarer og gruppediskussioner samt opgaver
[Kurset følger ikke DTUs normale skemastruktur]
Sidste dag(e) i 3-ugersperioden, Sidste dag(e) i 3-ugersperioden, Kursets sidste dag
Bedømmelse af opgave(r)/rapport(er)
Evaluering af opgaver, studenterpræsentationer og en endelig rapport
Skriftlige hjælpemidler er tilladt
bestået/ikke bestået , intern bedømmelse
Minimum 10 Maksimum: 36
Thomas Ostenfeld Larsen , Bygning 221, Tlf. (+45) 4525 2632 , tol@bio.dtu.dk
Ling Ding , Lyngby Campus, Bygning 221 , lidi@dtu.dk
Tilmann Weber , tiwe@biosustain.dtu.dk
27 Institut for Bioteknologi og Biomedicin
DTU Biosustain
http://kurser.dtu.dk/course/27815
På instituttet
14 december 2022
Pr. email til Thomas Ostenfeld Larsen (tol@bio.dtu.dk) med CV og kort beskrivelse af hvorfor du vil deltage i kurset.
Overordnede kursusmål
Mikroorganismer er i stand til at biosyntetisere yderst komplekse små organiske molekyler også kaldet naturstoffer. Et hovedformål med dette kursus er at give en gennemgang af i) de forskellige hovedtyper af naturstoffer, ii) de forskellige enzymertyper, der er involveret i deres biosyntese, iii) hvorledes de tilhørende gener er organiseret og kan genkendes ved hjælp af bioinfrmatiske metoder, og iv) hvorledes man ved hjælp af kromatografiske metoder koblet til spektroskopi kan analysere et givet mikrobielt ekstrakt for indholdet af naturstoffer.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Genkende de vigtigste typer af naturstoffer, som polyketider, non-ribosmale peptider og terpener
  • Foreslå en sansynlig biosyntesevej udfra retrobiosyntetiske betragninger af en given struktur
  • Foreslå hvilke gener og dermed enzymer, der er involveret i biosyntesen af et givent naturstof
  • Have en god forståelse for anvendelse af bioinformatiske redskaber, som f.eks. antiSMASH, i forbindelse med analyse naturstof relaterede gener (klustre)
  • Have en god forståelse for anvendelse af bioinformatiske redskaber, som BLAST, HMMer, Interproscan til forudsigelse af enzym aktiviteter involveret i biosyntese af et givet naturstof
  • Opnå et godt kendskab til analyse af hele genom sekvenser, herunder forudsigelse af hvilken type af naturstof et givent genkluster koder for
  • Forklare principperne bag forskellige typer af væskekromatografi (RP, HILIC, IC)
  • Fortolke kromatografiske analyser herunder især data genereret fra UV- og massespektrometri, inklusiv tolkning af addukt og isotop mønstre i MS og MS/MS spektra, samt søgning i databaser
  • Tillære og afrapportere analytisk kemiske problemstillinger i klasseforum
  • xx
Kursusindhold
Antallet af mikroorganismer, der bliver fuldgenom sekventeret stiger i øjeblikket eksponentielt. Dette giver mulighed for at studere og forstå biosyntese af naturstoffer på en meget mere uddybende måde end tidligere, idet det gener, og dermed biosyntetiske enzymer, der er relateret til en given biosyntetisk pathway kan forudsiges ved hjælp af bioinformatiske analyser. Dette kursus vil gennemgå hvorledes naturen kombinerer små "byggeklodser" til opbygning af komplekse naturstoffer, hvorledes man ved hjælp af bioinformatiske analyser kan forudsige en given mikroorganismes potentielle evne til at danne sådanne stoffer, og endeligt hvorledes man ved hjælp af avancerede analyse instrumenter, som HPLC koblet til især massespektrometri, kan undersøge hvilke stoffer den givne mikroorganisme producerer under de givne betingelser.
Bemærkninger
Kursus udgifter.
1) Kurset er gratis for ph.d.-studerende fra Danmark og andre EU lande. Deltagerne skal dog betale for de aktuellle kursusudgifter (materialer, forplejning mm.)
2) Deltagergebyr for industripersoner er 12.500 kr.
Sidst opdateret
15. juni, 2021