Overordnede kursusmål
Formålet med kurset er at introducere studerende til nogle af de
bedste og mest benyttede metoder for at processere og analysere
metagenomics data, fra rå reads til abundans og taxonomisk
annotering. Fokus vil være at den studerende forstår den
underliggende teori som de forskellige programmer benytter, dog er
det ikke et teorikursus, men et hands-on kursus for at give en
forståelse af de grundlæggende metoder som anvendes.
Alle studerende får en konto på computerome hvor man i grupper af
op til 4 personer kan arbejde på et udleveret metagenom datasæt. Et
datasæt per gruppe. Dette datasæt vil være baggrund for det arbejde
som laves i øvelserne og senere som en del af den afsluttende
poster.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
- Se engelsk formulering
Kursusindhold
Introduktion til kursus
Sekventering, sekvensbibliotek, sekventerings platforme og fejlrate
Fastq format, barkoder, demultipleksing, trimming og
kvalitetskontrol
Kraken familien & laveste fælles forfar: Kraken2, Braken og
KrakenUniq
k-mer og KMA programmet
PhyloPhlan og marker gener
SNP's, kriterier for at kalde et SNP, alleler og varianter of
VCF fil
Abundans mål og kompositionel data analyse
De-novo assembly med spades, gen annotering med ResFinder of Prokka
Binning og kvalitetsmål: metabat2 of VAMB
Hvordan starter man en analyse af et datasæt dvs taxonomisk
annotering, checkm, GTDB-TK, mash afstande og Drep.
Arbejde på egne sekvensdata
Gennemgang af nogle af de vigtigste emner fra kursusforløbet
Sidst opdateret
25. maj, 2021
