22123 Computational Precision medicine

2021/2022

Kursusinformation
Computational Precision Medicine
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
Juni
Campus Lyngby
Forelæsninger, computerøvelser og gruppearbejde
3-uger
Sidste dag(e) i 3-ugersperioden, Afhængigt af deltagerantallet, afholdes eksamen på en enkelt dag eller fordelt over flere dage
Mundtlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
I grupper udarbejdes et projekt omhandlende præcisionsmedicin, som danner baggrunden for eksamen. Aktiv deltagelse i gruppearbejdet, og rettidig aflevering af projektet, er begge forudsætninger for at kunne gå til eksamen. Den mundtlige eksamen vil være en gruppepræsentation af projektet, efterfulgt af en individuel eksaminering i projektet, samt i generelle kursuslæringsmål. Den endelige karakter er baseret på en helhedsvurdering af både projektet og den mundtlige eksamen. Hvis projektet ikke afleveres, skal der udarbejdes et individuelt projekt for at gå til reeksamen.
4 timer
Uden hjælpemidler
7-trins skala , intern bedømmelse
02402221102210022126.­(27002/27008) , Kurset antager, at den studerende har erfaring med programmering i R, da alle øvelser og gruppearbejde vil foregå i dette programmeringssprog. En grundlæggende forståelse for next generation sequencing og god forståelse for statistik er stærkt anbefalet.
Minimum 10 Maksimum: 40
Lars Rønn Olsen , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf. (+45) 4525 2425 , lronn@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
I studieplanlæggeren
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
The overordnet mål med dette kursus er at gøre de studerende i stand til at anvende datalogiske værktøjer indenfor præcisionsmedicin.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Forklare koncepterne bag anvendt præcisionsmedicin i klinikken
  • Forklare koncepterne bag behandlingsstratificering af cancerpatienter
  • Forklare koncepterne bag somatiske varianskald fra DNA sekventering
  • Forklare koncepterne bag cancer immunterapi
  • Anvende grundlæggende metoder til usuperviseret clustering baseret på genekspression
  • Anvende grundlæggende metoder til klassifikation af prøver baseret på genekspression
  • Anvende differentiel genekspressionsanalyse til at finde potentielle tumorassocierede antigener
  • Anvende HLA bindingsforudsigelser på ikke-synonyme, somatiske mutationer til at finde potentielle tumorspecifikke antigener
  • Anvende isoform switch analyse til at finde potentielle cellemembranantigener
  • Analysere brugen af bioinformatik i præcisionsmedicin i forhold til anvendelsen i klinikken
Kursusindhold
I dette kursus vil de studerende blive introduceret til bioinformatiske metoder indenfor præcisionsmedicin. De studerende vil lære, hvordan transcriptomics data fra microarrays eller RNA sekventering kan bruges til diagnostik og patientstratificering, når optimale behandlingsformer skal vælges. De studerende vil også lære princripperne i præcisions- og personlig behandling ved analyse af RNA og DNA sekventeringsdata.

Hver forelæsning består af en introduktion til et klinisk problem af en domæneekspert fra translationel forskning og/eller en kliniker, efterfulgt af en introduktion til, hvordan problemet kan løses bioinformatisk, efterfulgt af praktiske øvelser. De to sidstnævnte vil foregår i programmeringssproget R.

Evalueringen er baseret på et hands on gruppeprojekt, hvori et præcisionsmedicinsk problem skal løses. De studerende kan enten vælge et prædefineret projekt eller finde på deres eget. Eksamineringen foregår ved, at projektet bliver præsenteret i grupper efterfulgt af individuelle mundtlige eksaminationer i hele pensum.
Litteraturhenvisninger
Litteratur til dette kursus består af forskningsartikler. Læselisten opdateres årligt og vil være at finde på kursets hjemmeside mindst 3 uger før kursusstart.
Sidst opdateret
05. juli, 2021