Kurset sigter på at gøre de studerende i stand til at analysere proteiners struktur og funktion med henblik på rationelt design af lægemidler og optimering af biokatalysatorer. Dette inkluderer praktiske computerøvelser i at konstruere og evaluere homologimodeller af proteiner, for hvilke der endnu ikke findes eksperimentelle strukturer, da dette gør det muligt at forudsige biologiske egenskaber for nye proteiner. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Gengive de 20 naturlige aminosyrer samt redegøre for deres strukturelle og kemiske egenskaber.
• Redegøre for proteiners basale strukturelementer samt deres egenskaber.
• Beskrive de nødvendige trin i anvendelsen af NMR spektroskopi og røntgen-krystallografi til bestemmelse af proteiners tredimensionelle struktur samt redegøre for væsentlige styrker og svagheder ved de to metoder.
• Navigere PDB strukturdatabasen og de tilhørende filformater.
• Betjene de basale funktioner i programmet PyMOL til visualisering af proteiners tredimensionelle struktur.
• Forudsige proteiners lokale strukturelle egenskaber baseret på sekvensen ved hjælp af almindeligt tilgængelige, web-baserede værktøjer.
• Vurdere eksperimentelle proteinstrukturers kvalitet baseret på generelle valideringskriterier.
• Konstruere en homologimodel af et protein med ukendt struktur givet sekvensen samt evaluere modellens kvalitet.
• Analysere og diskutere den strukturelle kontekst af annoterede egenskaber ved proteiner såsom epitoper, post-translationelle modifikationer og "active site".
• Forudsige effekten af punktmutationer på interaktioner med ligander, konformationsændringer eller andre strukturelle egenskaber.

Proteiners struktur fra primær til kvaternær, eksperimentel bestemmelse af proteinstruktur, ”structural genomics”, forudsigelse af sekundærstruktur, overfladetilgængelighed m.m., ”fold recognition”, homologimodellering, strukturvalidering, proteinstrukturanalyse, ”protein engineering”. Projektarbejdet i slutningen af kurset udføres i små selvvalgte grupper og præsenteres som en poster på kursets sidste dag (før eksamen).

Afleveringsopgaverne (2) omhandler hovedsagligt proteinstrukturvisualisering med programmet PyMOL. 15. juni, 2022