22110 Python og Unix for bioinformatikere
2021/2022
Kurset kører for sidste gang i efterår 2022
og vil herefter blive erstattet af 22113 Unix og python
programmering for bioinformatikere, som bliver udbudt fra foråret
2023.
Overordnede kursusmål
Den studerende skal være i stand til at skrive Python programmer i
et Unix miljø for at løse mindre bioinformatiske opgaver på
struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde. Det er
vigtigt mål at lære den studerende, hvordan man tænker omkring
programmering.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Anvende Unix kommandoline med 10-15 almindelige Unix
kommandoer, inklusiv filsystem navigation og pipelines.
- Demonstrere og forklare anvendelsen af Python syntaks, objekt
model, datastrukturer og 65-70 Python funktioner/metoder.
- Udøve mønstergenkendelse i (bioinformatiske) data filer med
henblik på at udtrække information.
- Anvende metoder/programmmeringsteknikker demonstreret i kurset
på lignende problemer.
- Analysere et (programmerings)problem og fastslå dets
komponenter.
- Konstruere en effektiv løsning til et problem ved at anvende de
rigtige komponenter i den rigtige rækkefølge.
- Analysere et program og baseret på dets opførsel, finde og
udrydde fejl.
- Evaluere effektiviteten af kode med hensyn til hastighed og
hukommelsesforbrug ved anvendelse af Big O notationen.
- Skrive klar, præcis og veldokumenteret kode, som er anvendelig
i større samarbejdsmæssige sammenhæng.
- Evaluere kvaliteten af kode baseret på kriteria vist i
kurset.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og
programmeringssproget Python, og følger basale
programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix
introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og
input/output redirection. I Python dækkes forskellige løkke- og
kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (lists og
dictionaries), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et
eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og
manipuleret. En stor del af kurset er brugt på peer-evaluerede
computerøvelser, som er integreret med forelæsningerne. De
studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre
programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv
designer. De skal også evaluere en anden gruppes projekt.
Bemærkninger
Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.
Sidst opdateret
01. november, 2021