Overordnede kursusmål
Mikroorganismer er i stand til at biosyntetisere yderst komplekse
små organiske molekyler også kaldet naturstoffer. Et hovedformål
med dette kursus er at give en gennemgang af i) de forskellige
hovedtyper af naturstoffer, ii) de forskellige enzymertyper, der er
involveret i deres biosyntese, iii) hvorledes de tilhørende gener
er organiseret og kan genkendes ved hjælp af bioinfrmatiske
metoder, og iv) hvorledes man ved hjælp af kromatografiske metoder
koblet til spektroskopi kan analysere et givet mikrobielt ekstrakt
for indholdet af naturstoffer.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Genkende de vigtigste typer af naturstoffer, som polyketider,
non-ribosmale peptider og terpener
- Foreslå en sansynlig biosyntesevej udfra retrobiosyntetiske
betragninger af en given struktur
- Foreslå hvilke gener og dermed enzymer, der er involveret i
biosyntesen af et givent naturstof
- Have en god forståelse for anvendelse af bioinformatiske
redskaber, som f.eks. antiSMASH, i forbindelse med analyse
naturstof relaterede gener (klustre)
- Have en god forståelse for anvendelse af bioinformatiske
redskaber, som BLAST, HMMer, Interproscan til forudsigelse af enzym
aktiviteter
- Opnå et godt kendskab til analyse af hele genom sekvenser,
herunder forudsigelse af hvilken type af naturstof et givent
genkluster koder for
- Forklare principperne bag forskellige typer af
væskekromatografi (RP, HILIC, IC)
- Fortolke kromatografiske analyser herunder især data genereret
fra UV- og massespektrometri, inklusiv tolkning af addukt og isotop
mønstre i MS og MS/MS spektra, samt søgning i databaser
- Tillære og afrapportere analytisk kemiske problemstillinger i
klasseforum
- xx
- xx
Kursusindhold
Antallet af mikroorganismer, der bliver fuldgenom sekventeret
stiger i øjeblikket eksponentielt. Dette giver mulighed for at
studere og forstå biosyntese af naturstoffer på en meget mere
uddybende måde end tidligere, idet det gener, og dermed
biosyntetiske enzymer, der er relateret til en given biosyntetisk
pathway kan forudsiges ved hjælp af bioinformatiske analyser. Dette
kursus vil gennemgå hvorledes naturen kombinerer små
"byggeklodser" til opbygning af komplekse naturstoffer,
hvorledes man ved hjælp af bioinformatiske analyser kan forudsige
en given mikroorganismes potentielle evne til at danne sådanne
stoffer, og endeligt hvorledes man ved hjælp af avancerede analyse
instrumenter, som HPLC koblet til især massespektrometri, kan
undersøge hvilke stoffer den givne mikroorganisme producerer under
de givne betingelser.
Bemærkninger
Kursus udgifter.
1) Kurset er gratis for PhD studerende fra Danmark og andre EU
lande. Deltagerne skal dog betale for de aktuellle kursus udgifter
(materialer, forplejning mm.)
2) Deltager gebyr for industri personer er 12.500 kr.
Sidst opdateret
25. november, 2020