Overordnede kursusmål
At give deltagerne basisviden om proteiners opbygning og struktur
samt validering af publicerede proteinstrukturer. Samt indblik i
hvordan proteinstruktur-databasen kan anvendes som biokemisk
værktøj til at dirigere biokemiske forsøg eller danne basis for nye
strukturbaserede hypoteser. Kurset vil give kendskab til og
praktisk erfaring i krystallisering og røntgenstrukturbestemmelse,
samt forståelse for hvilke statistiske metoder der benyttes som
validering af proteinstrukturer.
Kurset vil give indføring i grundlæggende strukturkemiske begreber
samt anvendelser af røntgen- og synkrotronstråling, kryo-elektron
mikroskopi og småvinkel røntgenspredning til bestemmelse af
proteiners struktur. Deltagerne vil efter kurset være i stand til
at fortolke og udnytte strukturkemiske resultater og databaser, og
have fået grundig opgavebaseret indføring i antibiotika binding
sites, protein-protein komplekser og forståelse af enzymatiske
aktive sites.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- bedømme og kritisere kvaliteten af en publiceret
proteinstruktur
- finde og hente publicerede data med henblik på evaluering og
gen-forfining.
- kritisk vurdere og sammenligne protienstrukturer fra
litteraturen eller databaser
- redegøre for krystalopbygning i termer af symmetrier,
rumgrupper og enhedsceller
- redegøre for grundlæggende røntgenspredningsteori
- definere det reciprokke gitter og relatere det til det direkte
gitter
- montere en krystal på et diffraktometer og gennemføre en
dataindsamling
- opsætte et krystallisationsforsøg
- forklare hvordan en proteinstruktur løses ved hjælp af
røntgendiffraktion
- forklare hvordan en proteinstruktur løses ved hjælp af
cryo-EM
- forklare hvordan SAXS bruges til at bestemme overordnet
proteinstrukturer
- beskriv og sammenlign fordele og ulemper ved SAXS,
røntgenkrystallografi og cryo-EM:
Kursusindhold
Primær, sekundær, tertiær og kvarternær struktur af proteiner og
andre makromolekyler. Analyse af molekylære bindings motiver, såsom
hvordan man skelner mellem vand, chlorid, og metaller ved brug af
publiseret diffraktion data, eksempler på små molekyle binding og
katalytiske aktive sites. Fundamental symmetrilære, herunder
symmetrioperationer, krystalsystemer og rumgruppenotation.
Eksperimentelt arbejde med krystallisering og test af
krystalkvalitet. Løsning af proteinstrukturer ved hjælp af
røntgendiffraktion, kryo elektronmikroskopi og småvinkel spredning.
Strukturvalidering og læsning af strukturartikler. Teori for
røntgenspredning fra krystaller.
Litteraturhenvisninger
David Blow: Outline of Crystallography for Biologists. Oxford
University Press. ISBN 0-19-851051-9
Sidst opdateret
10. november, 2020