26325 Proteinstrukturbestemmelse

2020/2021

KURSET UDBYDES IKKE I F21. Tal med din studieleder om alternativer.
Kursusinformation
Protein structure determination
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
F2B (tors 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger, suppleret med computerøvelser og praktiske øvelser.
13-uger
F2B
Mundtlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
Rapporterne vægtes med i alt 33% af den samlede karakter
Alle hjælpemidler er tilladt
7-trins skala , ekstern censur
26327
26327
proteinkemi, organisk kemi, fysisk kemi
Minimum 6 Maksimum: 24
Jens Preben Morth , Lyngby Campus, Bygning 224 , premo@dtu.dk
Pernille Hanne Harris , s195748@student.dtu.dk
26 Institut for Kemi
27 Institut for Bioteknologi og Biomedicin
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
At give deltagerne basisviden om proteiners opbygning og struktur samt validering af publicerede proteinstrukturer. Samt indblik i hvordan proteinstruktur-databasen kan anvendes som biokemisk værktøj til at dirigere biokemiske forsøg eller danne basis for nye strukturbaserede hypoteser. Kurset vil give kendskab til og praktisk erfaring i krystallisering og røntgenstrukturbestemmelse, samt forståelse for hvilke statistiske metoder der benyttes som validering af proteinstrukturer.
Kurset vil give indføring i grundlæggende strukturkemiske begreber samt anvendelser af røntgen- og synkrotronstråling, kryo-elektron mikroskopi og småvinkel røntgenspredning til bestemmelse af proteiners struktur. Deltagerne vil efter kurset være i stand til at fortolke og udnytte strukturkemiske resultater og databaser, og have fået grundig opgavebaseret indføring i antibiotika binding sites, protein-protein komplekser og forståelse af enzymatiske aktive sites.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • bedømme og kritisere kvaliteten af en publiceret proteinstruktur
  • finde og hente publicerede data med henblik på evaluering og gen-forfining.
  • kritisk vurdere og sammenligne protienstrukturer fra litteraturen eller databaser
  • redegøre for krystalopbygning i termer af symmetrier, rumgrupper og enhedsceller
  • redegøre for grundlæggende røntgenspredningsteori
  • definere det reciprokke gitter og relatere det til det direkte gitter
  • montere en krystal på et diffraktometer og gennemføre en dataindsamling
  • opsætte et krystallisationsforsøg
  • forklare hvordan en proteinstruktur løses ved hjælp af røntgendiffraktion
  • forklare hvordan en proteinstruktur løses ved hjælp af cryo-EM
  • forklare hvordan SAXS bruges til at bestemme overordnet proteinstrukturer
  • beskriv og sammenlign fordele og ulemper ved SAXS, røntgenkrystallografi og cryo-EM:
Kursusindhold
Primær, sekundær, tertiær og kvarternær struktur af proteiner og andre makromolekyler. Analyse af molekylære bindings motiver, såsom hvordan man skelner mellem vand, chlorid, og metaller ved brug af publiseret diffraktion data, eksempler på små molekyle binding og katalytiske aktive sites. Fundamental symmetrilære, herunder symmetrioperationer, krystalsystemer og rumgruppenotation. Eksperimentelt arbejde med krystallisering og test af krystalkvalitet. Løsning af proteinstrukturer ved hjælp af røntgendiffraktion, kryo elektronmikroskopi og småvinkel spredning. Strukturvalidering og læsning af strukturartikler. Teori for røntgenspredning fra krystaller.
Litteraturhenvisninger
David Blow: Outline of Crystallography for Biologists. Oxford University Press. ISBN 0-19-851051-9
Sidst opdateret
10. november, 2020