Helgenom sekventering af mikroorganismer er de seneste år blevet et realistisk alternativ til øvrige molekylære og fænotypiske tests. Teknologien er blevet så billig at sekventeringsudstyr rykker ind på hospitaler og fødevarelaboratorier. Udfordringen er ikke længere at generere sekvensdata, men at analysere dem og trække relevant information ud fra den store mængde data. I løbet af kurset vil de studerende blive i stand til, på et overordnet plan, at redegøre for den biologiske og genetiske baggrund for forskellige mikroorganismers sygdomsfremkaldende potentiale og v.h.a. en række web-baserede metoder analysere og fortolke mikrobielle helgenomdata i en klinisk og fødevaresikkerhedsmæssig sammenhæng. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Redegøre for forskellige former for helgenom sekventeringsteknikker, samt kunne anvende data herfra til at samle draft genomer v.h.a. web-baserede metoder. Vil desuden kunne anvende simple mål for at evaluere kvaliteten af draft genomerne.
• Redegøre for det bakterielle artsbegreb, samt kunne anvende web-baserede metoder til artsbestemmelse af bakterier ud fra helgenom data.
• Redegøre for virkningsmekanismer af antibiotika og andre antimikrobielle stoffer, herunder bakteriofager, samt hvordan antibiotikaresistensgener og andre gener udveksles imellem bakterier.
• Anvende web-baserede metoder til at identificere antibiotikaresistensgener i helgenom data.
• Anvende web-baseret metode til at identificere virulensfaktorer i helgenom data fra en modelorganisme (Escherichia coli).
• Generere en database med specifikke gensekvenser af interesse og anvende den til at identificere generne i helgenom data.
• Anvende web-baserede metoder til epidemiologiske undersøgelser i forbindelse med mikrobielle udbrud og kunne fortolke resultaterne i forhold til identifikation af smittevejen.
• Anvende web-baserede metoder til at identificere indholdet i metagenom prøver.
• Anvende den opnåede viden og færdigheder til at udføre et projekt og kommunikere resultaterne på en poster.

Helgenom sekventeringsteknikker og assembly; bakteriel artsbestemmelse; antibiotika – virkningsmekanismer, resistensgener og virkningsmekanismer for resistens; virulensfaktorer; horisontal genspredning; bakteriel subtypning; phylogenetiske træer; epidemiologi; metagenomdata. Poster præsentation på kursets sidste dag 21. april, 2020