Formålet med kurset er at give de studerende et indblik i molekylediagnostik og forholdet til præcisionsmedicin. Dette omfatter forståelse af det medicinske problem, evaluering af de anvendte molekylære metoder og forudsigelse af virkningen af at indføre bedre diagnostiske metoder på behandlingsresultater. Tendenserne indenfor molekylær diagnostik vil blive analyseret, især med henblik på, hvordan diagnostik bidrager til at give patienter korrekte behandlinger (fx biologiske stoffer som antistoffer, antibiotika, immunterapi), herunder ingen behandling! En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Beskrive metoder, der anvendes i molekylær diagnostik, såsom polymerase chain reaction (PCR), realtime-PCR, sekventering, næste generations sekventering, mikroarrays, digitale metoder og laboratorieautomatisering.
• Sammenligne forskellige kvantitative metoder som digital PCR, næste generations sekventering og digital ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay)
• Evaluere effektiviteten af molekylær diagnostik til at løse et klinisk problem.
• Identificere svagheder og begrænsninger af metoder til en given diagnosesituation.
• Opsummere og evaluere nuværende og fremtidige teknologier til mikrobiel, kræft og genetisk diagnostik.
• Beskrive hvordan molekylær diagnostik styrer behandlingen (genetisk status anvendt til præcisionsmedicin) og forebyggelse af sygdomme (fx multiplexanalyse af mikroorganismer til underklassifikationer).
• Beskrive og evaluere den diagnostik, der bruges til at styre immunterapi.
• Designe et molekylært assay, herunder primerer og prober, og at vælge en korrekt statistisk lydvalideringsstrategi.
• Præsentere videnskabeligt materiale i klare og præcise rapporter, plakater og mundtlige formularer.
• Kunne analysere et diagnostisk problem og beskrive en strategi til forbedring af test ved at finde nye biomarkører (biomarker-opdagelse) eller anvende andre metoder såsom f.eks. point of care eller avanceret ny teknologi.

Med den øgede biologiske viden om fx det menneskelige genom og forbindelsen mellem gener og sygdomme bliver molekylær diagnostik et stadig vigtigere redskab i sundhedssektoren. Især er molekylær diagnostik grundlaget for præcisionsmedicin, dvs. at give patienten bedst mulig behandling i en given situation baseret på genetisk information.

Kurset er omfatter tre kliniske områden med stigende kompleksitet af analyse og behov for precision medicine.

Den første del omhandler mikrobiologisk diagnostik og tilhørende teknikker. Her introduceres de grundlæggende begreber om at anvende virus eller bakterie-specifikke gener som biomarkør til at diagnosticere infektioner. Kurset behandler vigtigheden af multiplextest for at kortlægge mikroorganismernes genetik til patientgruppering og forskellige behandlingsmuligheder.

I anden del behandles monogenetiske og polygenetiske lidelser og risikoprofiler. Her tilstræber vi at forstå omfanget og virkningen af genetisk variation på medicinsk behandling og procedure. De tilhørende teknikker, der anvendes i genetiske analyser, forklares og evalueres.

I tredje del er kræftdiagnostik og præcisionsmedicin i fokus. Her behandles brug af genetiske metoder til kvantitative målinger for enten at opdage kræft i tidlige stadier eller for at overvåge behandlingsresultater. Moderne kræftmedikamenter er meget dyre og ideelt kun anvendt på patienter, der kan drage fordel af dem. Disse behandlingsbeslutninger er baseret på molekylære, ofte kvantitative metoder. Eksempler på at illustrere tilgangen er BCR / ABL transkriptmålinger og mutationsanalyse hos CML-patienter, EGFR / Ras mutationsanalyse til behandling af tyktarmskræft og analyse af for eksempel PDL1-ekspression til styring af immunterapi.

Øget brug af avancerede teknologier som ”high throughput sequencing” og digital PCR kombineret med avancerede prøvefremstillingsmetoder kan adressere mange slags prøver, såsom et cellefrit DNA (sjældne DNA), cirkulerende tumorceller (sjældne celler) og exosomer (cellerester af celler). Kurset vil undersøge den diagnostiske fordel og den kliniske og samfundsmæssige virkning af sådanne banebrydende teknologier. Kompendium med forelæsningsnoter, videnskablige artikler. Der vil i kursusforløbet være gruppearbejde i mindre grupper til løsning af opgaver og interne præsentationer. 05. maj, 2020