22112 High Performance Computing i Life Science
2020/2021
Overordnede kursusmål
Løfter den studerende fra at udvikle programmer på en personlig
computer til design og implementation af life science projekter på
supercomputere.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Forbedre performance af et program ved at anvende tilegnet
viden om hvordan en PC og en supercomputer virker fra et
hardwaremæssigt perspektiv (ligheder og forskelle).
- Designe programmer og programforløb som anvender et køsystem
effektivt på varierende måder.
- Evaluere effektiviteten af et program eller programforløb ved
analyse af anvendelsen af IO og hukommelse.
- Planlægge og implementere triviel parallel programudførsel på
en node/computer.
- Anvende 'Divide and Conquer' paradigmet i konkret
sammenhæng med Branch&Bound kombinatorisk optimering.
- Evaluere om binære og/eller probabilistiske datastrukturer kan
øge performance af programmer, samt implementere disse.
- Designe en database ud fra virkelige data og/eller
modeller.
- Anvende SQL til at forespørge og manipulere en database.
- Programmere mod en relationel database i Python.
- Organisere et projekt således at vejen fra rådata til resultat
er tydelig og gentagelig.
Kursusindhold
Kurset løfter den studerende fra at være den eneste bruger på en
enkelt computer til at være en af mange brugere på en
supercomputer. Det gøres ved forelæsninger og øvelser i emner som
computerarkitektur, køsystemer, parallel programmering,
algoritmedesign, programoptimering, database-design og anvendelse i
teori og praksis.
Bemærkninger
Kurset anvender supercomputeren 'Computerome 2' som
øvelsesplatform.
Sidst opdateret
10. maj, 2021