22110 Python og Unix for bioinformatikere

2020/2021

P.g.a. Covid-19 afholdes den skriftlige eksamen for sommeren 2021 som hjemmeonline-eksamen med alle hjælpemidler tilladt og åbent net.
P.g.a. Covid-19 afholdes den skriftlige eksamen for vinteren 2020 som hjemmeonline-eksamen.
Kursusinformation
Python and Unix for Bioinformaticians
Engelsk
10
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
E2 (man 13-17, tors 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger og computerøvelser
13-uger
E2A, F2A
Skriftlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
Obligatoriske øvelser - mindst 10 sæt ud af 12 skal afleveres rettidigt for at gå til eksamen (peer-evaluering inkluderet). Eksamen (50%), projekt (50%). Begge skal bestås for at bestå kurset.
4 timer
Alle hjælpemidler er tilladt :

til den skriftlige eksamen

bestået/ikke bestået , ekstern censur
27610 og 36610
Gisle Alberg Vestergaard , Lyngby Campus, Bygning 204 , gisves@dtu.dk
Peter Wad Sackett , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf. (+45) 4525 2427 , pwsa@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
http://teaching.healthtech.dtu.dk/36610/
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
Den studerende skal være i stand til at skrive Python programmer i et Unix miljø for at løse mindre bioinformatiske opgaver på struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde. Det er vigtigt mål at lære den studerende, hvordan man tænker omkring programmering.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Anvende Unix kommandoline med 10-15 almindelige Unix kommandoer, inklusiv filsystem navigation og pipelines.
  • Demonstrere og forklare anvendelsen af Python syntaks, objekt model, datastrukturer og 65-70 Python funktioner/metoder.
  • Udøve mønstergenkendelse i (bioinformatiske) data filer med henblik på at udtrække information.
  • Anvende metoder/​programmmeringsteknikker demonstreret i kurset på lignende problemer.
  • Analysere et (programmerings)problem og fastslå dets komponenter.
  • Konstruere en effektiv løsning til et problem ved at anvende de rigtige komponenter i den rigtige rækkefølge.
  • Analysere et program og baseret på dets opførsel, finde og udrydde fejl.
  • Evaluere effektiviteten af kode med hensyn til hastighed og hukommelsesforbrug ved anvendelse af Big O notationen.
  • Skrive klar, præcis og veldokumenteret kode, som er anvendelig i større samarbejdsmæssige sammenhæng.
  • Evaluere kvaliteten af kode baseret på kriteria vist i kurset.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og programmeringssproget Python, og følger basale programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og input/output redirection. I Python dækkes forskellige løkke- og kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (lists og dictionaries), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og manipuleret. En stor del af kurset er brugt på peer-evaluerede computerøvelser, som er integreret med forelæsningerne. De studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv designer. De skal også evaluere en anden gruppes projekt.
Bemærkninger
Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.
Sidst opdateret
07. maj, 2020