27423 Metabolom- og proteomanalyse
2019/2020
Tidligere kursus titel "Mikrobiel
kemi" og kursus nummer 27412.
Overordnede kursusmål
At give de studerende et overblik over hovedtyper af naturstoffer
og proteiner som mikroorganismer og planter kan biosyntetisere, og
hvorledes de kan ekstraheres og forberedes til efterfølgende kemisk
analyse. Hovedformålet med kurset er at give de studerende en solid
forståelse for kromatografi og analytiske metoder med særligt fokus
på analyse og detektion af allerede kendte stoffer ved hjælp af
masse spektrometri. Kurset henvender sig til biotek, kemi og
farmatek studerende, samt studerende med interesse for analytisk
organisk kemi.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Gøre rede for de basale principper for prøveforberedelse af små
organiske molekyler og proteiner, som f.eks. fast fase
ekstraktion.
- Forklare de basale principper bag væske kromatografi herunder
brug af forskellige relevante kolonne typer.
- Gøre rede for de grundlæggende principper bag diode array
detektion (DAD) of masse spektrometri (f.eks. QTOF MS) koblet til
kolonne kromatografi.
- Forklare betydningen af nøjagtig massebestemmelse.
- Anvende standard kromatografisk/spektroskopisk software til
dataanalyse.
- Sammenligne data fra mikrobielle ekstrakter med spektroskopisk
information i databaser.
- Gøre rede for de basale principper bag kvantitativ analyse af
naturstoffer (f.eks. mykotoksiner).
- Forklare principperne bag massespektrometri (f.eks. Orbitrap og
MALDI TOF) baseret analyse af proteiner.
- Beskrive de grundlæggende workflow i proteomanalyser.
- Gøre rede for de forskellige metoder til kvantitative
proteomanalyser, herunder med og uden brug af mærkede
aminosyrer.
- Forklare de basale principper for MS-baseret
proteomdataanalyse.
Kursusindhold
Industriel produktion af små organiske molekyler (herunder
naturstoffer) og proteiner ved hjælp af mikrobielle cellefabrikker
forventes at stige i de kommende år. Eksempler på dette er nye
antibiotika, anti cancer stoffer, små antimikrobielle proteiner og
fødevare ingredienser som farvestoffer, antistoffer og vitaminer.
Andre stoffer er giftige for mennesker og skal derfor undgås og
kontrolleres for i levnedsmidler.
Dette kursus vil gennemgå de vigtigste moderne metoder til at
analysere både små molekyler og større proteiner, især baseret på
væskekromatografi koblet massespektrometri. Undervisning vil være
baseret på forelæsninger, opgaveløsning og gruppearbejde.
Sidst opdateret
02. juli, 2019