Kurset giver en tværfaglig tilgang, der kombinerer disciplinerne konventionel mikrobiologi, fuld-genom sekventering og bioinformatik til bestemmelse af antimikrobiel resistens i bakterier. Antibiotikaresistens vil blive evalueret både fæno- og geno-typisk, og bioinformatisk software vil blive anvendt til yderligere at karakterisere bakteriernes gener i relation til udvikling og transmission af antimikrobiel resistens.

Den studerende vil ved afslutningen af ​​kurset i) være i stand til at udføre fænotypisk antimikrobiel resistensbestemmelse, ii) være i stand til at udføre helgen-sekventering af DNA fra bakterier, iii) kunne gennemføre bioinformatikanalyser for at bestemme den taxonomiske identitet såvel som tilstedeværelse af antimikrobielle resistens- og virulensgener, og iv) kunne fortolke de analytiske resultater med det formål at forklare trusler og handlinger. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Beskrive klassificering og historisk udvikling af antibiotika
• Beskrive antibiotikas virkningsmåder og de biologiske mekanismer for resistens
• Forklare den stigende trussel om resistens over for kritisk vigtige antibiotika, herunder brug af antibiotika i en One-Health sammenhæng
• Skitsere forskellige overvågningssystemer for antibiotikaresistens
• Udføre kvalitative og kvantitative resistensbestemmelser, herunder kvalitetskontrol
• Udføre biblioteksopbygning og fuld-genom sekventering af bakterieisolater
• Udføre bioinformatisk analyse og karakterisering af genomer, herunder taxonomisk- og typeidentifikation, bestemmelse af plasmid- og resistensgener samt clusteranalyse
• Identificere clustre og mulige transmissionsruter for bakteriepatogener
• Udnytte den viden, der er erhvervet for at belyse niveauet og spredningen af ​​antibiotikaresistens
• Evaluere muligheder og handlinger for at begrænse yderligere transmission af antibiotikaresistens

Kurset giver en tværfaglig tilgang til vurdering af antibiotikaresistens i bakterielle patogener for at forstå den stigende globale trussel.

Kurset vil fokusere på den teoretiske baggrund for udvikling af antibiotika samt virkemåder, mekanismer, klassificering, epidemiologi, behandling, anvendelse, mobilelementer, bakteriel fysiologi og modtagelse af resistens, metoder til antibiotika resistensbestemmelse og fortolkning af fænotypiske resistensdata.

Kurset vil give praktisk laboratorieerfaring i både konventionel antibiotika resistensbestemmelse og fuldgenom-sekventeringsteknologi for enkeltbakterier. Desuden introduceres bioinformatikanalyse til bestemmelse af resistens i bakterier og til karakterisering af bakterielle genomer i en One-Health sammenhæng. Lærebog: Antimicrobial Resistance in Bacteria from Livestock and Companion Animals, Schwarz, Cavaco and Shen, ASM (ISBN 9781555819798)

Coursera kurser: Antimicrobial Resistance – theory and methods, Whole genome sequencing of bacterial genomes - tools and applications 28. maj, 2020