English | Log ind

22176 Next-Generation-Sequencing Analyse

2019/2020

Kurset blev udbudt for sidste gang i januar 2020. Ph.d. studerende er velkomne til at tilmelde sig kursus 22126, men det vil tælle som kandidatkursus og ikke som Ph.d. kursus.
Kursusinformation
Next-Generation-Sequencing Analysis
Engelsk
5
Ph.d., Servicekursus (faglige færdigheder)
Kurset udbydes som enkeltfag
Januar
6/1 2020 - 24/1 2020
Campus Lyngby
Forelæsninger, computer øvelser og projektarbejde
3-uger
Sidste dag i 3-ugers perioden
Mundtlig eksamen og bedømmelse af opgave(r)
Bedømmelse af poster (gruppearbejde) (50%). Bedømmelse af posterpræsentation (individuel) (50%)
Alle hjælpemidler er tilladt
7-trins skala , intern bedømmelse
27826 og 36826
27002/27008/27230/27430/27610 , Elementære kommandolinje færdigheder (f.eks lokalisere eller kopiere filer etc.)
Minimum 5 Maksimum: 10
Gabriel Renaud , Lyngby Campus, Bygning 204 , gabre@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
I studieplanlæggeren
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
Next-Generation Sequencing (NGS) teknologier har transformeret den måde som biologisk forskning bliver udført på og bliver i dag anvendt indenfor næsten alle biologiske felter til banebrydende opdagelser. I dag kan et menneskes genom sekventeres på meget kort tid og til en pris på under $1000, hvilket giver hidtil usete muligheder for at undersøge menneskelige træk, evolution og sygdomme. Derudover kan arvemasse af hele mikrobielle samfund sekventeres og sammenspil med natur studeres, hvilket har ledt til opdagelsen af nye brugbare enzymer og organismer. Da disse forsøg producerer store mængder af data er bioinformatiske kompetencer og super computere altafgørende for analyserne. Målet på kurset er at give de studerende kendskab til NGS teknologi med fokus på analyse af data. Kurset vil kvalificere de studerende til at forstå NGS data og sætte dem i stand til at analysere disse ved hjælp af Unix/Linux baserede systemer og programmer. Den sidste halvdel af kurset er projektarbejde der er baseret på de studerendes egen data eller data fra offentlige databaser.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Redegøre for de forskellige NGS teknologier herunder forskelle i styrker og svagheder.
  • Redegøre for de enkelte trin der generelt indgår i en NGS data analyse.
  • Forklare de teoretiske koncepter bag sekvens sammenligning og de novo sekvens samling.
  • Anvende Unix-baseret software til at udføre en analyse af NGS data.
  • Selvstændigt definere et spørgsmål indenfor feltet.
  • Anvende viden tillært i kurset til at løse spørgsmålet via et projekt.
  • Analysere og reflektere over resultater fra de individuelle øvelser og det endelige projekt.
  • Samarbejde i grupper til at udføre projekt-arbejde og kommunikere resultaterne på en poster.
Kursusindhold
Teknologien bag moderne NGS; Kvalitetskontrol; fejlkorrektion; Sekvens sammenligning; BAM processering; genotypebestemmelse; SNPs, Indels; de novo sekvens samling; Human sekventering; Mikrobiel sekventering; Historisk DNA; Metagenom analyse; Genetisk Epidemiologi; RNA sekventering; Exom sekventering; Udarbejdelse af projekt hvor NGS data analyseres; præsentation af poster.
Bemærkninger
Kurset har et overlap med 22136 "Metagenomics and Microbiome Analysis". "Next-Generation-Sequencing Analyse" kommer mere bredt omkring hvorimod "Metagenomics and Microbiome Analysis" er mere målrettet mikrobiom analyse.
Sidst opdateret
17. april, 2020