English | Log ind

22136 Metagenom og Mikrobiom Analyse

2019/2020

Kursusinformation
Metagenomics and Microbiome Analysis
Engelsk
10
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
E5 (ons 8-17)
Campus Lyngby
Forelæsninger, laboratorie øvelser, computer øvelser, e-learning og projektarbejde
13-uger
E5A, F5A
Skriftlig eksamen og bedømmelse af opgave(r)
50% mundtlig eksamen baseret på poster-præsentation, 50% skriftlig eksamen
2 timer
Uden hjælpemidler :

ÆNDRINGER SOM FØLGE AF COVID-19:

skriftlig eksamen er med alle hjælpemidler tilladt og åbent internet.

7-trins skala , intern bedømmelse
27636 og 36636
02402/27026/27610/27626/22100 , Basal forståelse for molekylær- og mikrobiologi (27026), basal statistisk forståelse (02402 el.lign.), basale programmering/​datahåndteringsfærdigheder (27610). Færdigheder i NGS dataanalyse svarende til 27626 er nyttige. Færdigheder i R er ligeledes nyttige. Basale NGS analyseteknikker vil kun blive opsummeret meget kort i kurset. Elementære kommandolinje færdigheder (f.eks lokalisere eller kopiere filer etc.) og at kunne kører og modificere R scripts anbefales ligeledes. Laboratorie erfaring er ikke nødvendig.Mere information, se engelsk version
Minimum 10 Maksimum: 40
Gisle Alberg Vestergaard , Lyngby Campus, Bygning 204 , gisves@dtu.dk
Marlene Danner Dalgaard , Lyngby Campus, Bygning 202 , marld@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
27 Institut for Bioteknologi og Biomedicin
I studieplanlæggeren
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
Formålet med kurset er at give en solid forståelse for metagenomics, samt at give den studerende forståelse og erfaring med analysemetoder inden for bl.a. metagenom- og mikrobiomanalyse.

Kurset inkluderer en laboratoriedel, hvor mikrobiomprøver vil blive indsamlet af de studerende, forberedt, sekventeret og analyseret.

Efter kurset forventes det, at den studerende vil være i stand til at forklare de basale koncepter i forbindelse med metagenomics/​mikrobiomet, kan behandle metagenomics data og analysere mikrobiomdata. Dvs. at den studerende kan processere store mængder sekvensdata fra mikrobiomprøver, samt kan identificere mikrobielle organismer og foretage statistiske analyser af mikrobiomdata i forhold til fænotypiske data eller intervention data. Ydermere er det målet, at den studerende kan formulere videnskabelige spørgsmål, som kan belyses vha. mikrobiomdata.

Mere information, se engelsk version
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Forklare konceptet metagenomics og dets anvendelse
  • Diskutere metagenomics eksperimentelt design; fra sampling til sekventering
  • Forklare basalt metagenomics data fremstilling
  • Forklare fordele og begrænsninger ved mikrobiomdata
  • Udføre basal metagenome analyse
  • Forklare de basale principper for mikrobiomøkologi
  • Udføre beregninger af basale økologimål
  • Forklare de basale principper for kvantitative mikrobiomanalyse
  • Udføre basale kvantitative mikrobiomanalyse
  • Design og udfør et projektarbejde indenfor projekt begrænsninger
  • Præsentere projekt arbejde mundtligt og på en poster
  • Forklare prøve preparation til sekventering
Kursusindhold
Indsamling af humane mikrobiome prøver; Forberede mikrobiom prøver til sekventering; Processering af metagenom data; Analyse af metagenom og microbiom data; formulere videnskabelige spørgsmål, Udarbejdelse af projekt hvor NGS data analyseres; Præsentation af poster.
Bemærkninger
Kurset har et overlap med 22126 (tidl. 36626) "Next-Generation-Sequencing Analyse". "Next-Generation-Sequencing Analyse" kommer mere bredt omkring hvorimod "Metagenomics and Microbiome Analysis" er mere målrettet mikrobiom analyse.
Sidst opdateret
15. april, 2020