22110 Python og Unix for bioinformatikere

2019/2020

Kursusinformation
Python and Unix for Bioinformaticians
Engelsk
10
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
E2A (man 13-17) og E2B (tors 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger og computerøvelser
13-uger
E2A, F2A
Skriftlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
Obligatoriske øvelser - min. 10 sæt skal afleveres rettidigt for at gå til eksamen Eksamen (50%), projekt (40%) og peer-evalueringer (1% per styk (max 10% ialt) af 12)
4 timer
Uden hjælpemidler :

til den skriftlige eksamen

ÆNDRINGER SOM FØLGE AF COVID-19:
Alle hjælpemidler er tilladt og åbent internet.

7-trins skala , ekstern censur
27610 og 36610
Gisle Alberg Vestergaard , Lyngby Campus, Bygning 204 , gisves@dtu.dk
Peter Wad Sackett , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf. (+45) 4525 2427 , pwsa@dtu.dk
22 Institut for Sundhedsteknologi
http://teaching.healthtech.dtu.dk/36610/
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
At sætte den studerende i stand til at skrive Python programmer i et Unix miljø for at løse mindre bioinformatiske opgaver på struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Anvende forskellige datatyper og indbyggede funktioner i Python.
  • Demonstrere indsigt i struktureret problemløsning.
  • Genkende mønstre i data og generalisere fra dem.
  • Analysere og planlægge udførslen af et mindre computerberegningsprojekt.
  • Designe og implementere en effektiv algoritme i Python.
  • Opdele en beregningsopgave i subrutiner.
  • Finde og rette fejl i et program baseret på dets opførsel.
  • Evaluere programmers løbetid.
  • Parse (læse og ekstrahere) (bioinformatiske data) filer for ønsket information.
  • Definere og anvende regulære udtryk (computermønstergenkendelse).
  • Skrive kode, så andre kan forstå den, og forstå andres kode.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og programmeringssproget Python, og følger basale programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og input/output redirection. I Python dækkes forskellige løkke- og kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (lists og dictionaries), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og manipuleret. En stor del af kurset er brugt på peer-evaluerede computerøvelser, som er integreret med forelæsningerne. De studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv designer. De skal også evaluere en anden gruppes projekt.
Bemærkninger
Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.
Sidst opdateret
15. april, 2020