22110 Python og Unix for bioinformatikere
2019/2020
Overordnede kursusmål
At sætte den studerende i stand til at skrive Python programmer i
et Unix miljø for at løse mindre bioinformatiske opgaver på
struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
- Anvende forskellige datatyper og indbyggede funktioner i
Python.
- Demonstrere indsigt i struktureret problemløsning.
- Genkende mønstre i data og generalisere fra dem.
- Analysere og planlægge udførslen af et mindre
computerberegningsprojekt.
- Designe og implementere en effektiv algoritme i Python.
- Opdele en beregningsopgave i subrutiner.
- Finde og rette fejl i et program baseret på dets opførsel.
- Evaluere programmers løbetid.
- Parse (læse og ekstrahere) (bioinformatiske data) filer for
ønsket information.
- Definere og anvende regulære udtryk
(computermønstergenkendelse).
- Skrive kode, så andre kan forstå den, og forstå andres
kode.
Kursusindhold
Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og
programmeringssproget Python, og følger basale
programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix
introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og
input/output redirection. I Python dækkes forskellige løkke- og
kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (lists og
dictionaries), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et
eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og
manipuleret. En stor del af kurset er brugt på peer-evaluerede
computerøvelser, som er integreret med forelæsningerne. De
studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre
programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv
designer. De skal også evaluere en anden gruppes projekt.
Bemærkninger
Omgængere kan genbruge tidligere godkendte øvelser og projekt.
Sidst opdateret
15. april, 2020