English | Log ind

23259 Helgenom analyser i mikrobiologisk diagnostik

2018/2019

Kursusinformation
Whole genome analysis in diagnostic microbiology
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes som enkeltfag
F3A (tirs 8-12)
Campus Lyngby
Forelæsninger og computerbaserede øvelser. Det er obligatorisk, at der afleveres en rapport over øvelserne, og at der deltages i peer-assessment af tre rapporter.
13-uger
F3A, Poster præsentation på kursets sidste dag
Skriftlig og mundtlig eksamen
Skriftlig eksamen (tæller 50%) samt posterpræsentation af gruppebaseret projekt (tæller 50%). Der gives en samlet karakter.
2 timer
Alle hjælpemidler er tilladt
7-trins skala , intern bedømmelse
27683 og 36683
27683/ 36683
27002/27008 , Basalt kendskab til cellers indre struktur, deres biologiske funktioner samt biokemiske og molekylærbiologiske processer.
Minimum 10 Maksimum: 30
Ole Lund , Lyngby Campus, Bygning 204 , olund@food.dtu.dk
Pimlapas Leekitcharoenphon , Lyngby Campus, Bygning 204, Tlf. (+45) 3588 7183 , pile@food.dtu.dk

23 Fødevareinstituttet
SSI Statens Serum Institut
I studieplanlæggeren
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
Helgenom sekventering af mikroorganismer er de seneste år blevet et realistisk alternativ til øvrige molekylære og fænotypiske tests. Teknologien er blevet så billig at sekventeringsudstyr rykker ind på hospitaler og fødevarelaboratorier. Udfordringen er ikke længere at generere sekvensdata, men at analysere dem og trække relevant information ud fra den store mængde data. I løbet af kurset vil de studerende blive i stand til, på et overordnet plan, at redegøre for den biologiske og genetiske baggrund for forskellige mikroorganismers sygdomsfremkaldende potentiale og v.h.a. en række web-baserede metoder analysere og fortolke mikrobielle helgenomdata i en klinisk og fødevaresikkerhedsmæssig sammenhæng.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Redegøre for forskellige former for helgenom sekventeringsteknikker, samt kunne anvende data herfra til at samle draft genomer v.h.a. web-baserede metoder. Vil desuden kunne anvende simple mål for at evaluere kvaliteten af draft genomerne.
  • Redegøre for det bakterielle artsbegreb, samt kunne anvende web-baserede metoder til artsbestemmelse af bakterier ud fra helgenom data.
  • Redegøre for virkningsmekanismer af antibiotika og andre antimikrobielle stoffer, herunder bakteriofager, samt hvordan antibiotikaresistensgener og andre gener udveksles imellem bakterier.
  • Anvende web-baserede metoder til at identificere antibiotikaresistensgener i helgenom data.
  • Anvende web-baseret metode til at identificere virulensfaktorer i helgenom data fra en modelorganisme (Escherichia coli).
  • Generere en database med specifikke gensekvenser af interesse og anvende den til at identificere generne i helgenom data.
  • Anvende web-baserede metoder til epidemiologiske undersøgelser i forbindelse med mikrobielle udbrud og kunne fortolke resultaterne i forhold til identifikation af smittevejen.
  • Anvende web-baserede metoder til at identificere indholdet i metagenom prøver.
  • Anvende den opnåede viden og færdigheder til at udføre et projekt og kommunikere resultaterne på en poster.
Kursusindhold
Helgenom sekventeringsteknikker og assembly; bakteriel artsbestemmelse; antibiotika – virkningsmekanismer, resistensgener og virkningsmekanismer for resistens; virulensfaktorer; horisontal genspredning; bakteriel subtypning; phylogenetiske træer; epidemiologi; metagenomdata.
Sidst opdateret
15. november, 2018