English | Log ind

36636 Metagenom og Mikrobiom Analyse

2017/2018

Kursusinformation
Metagenomics and Microbiome Analysis
Engelsk
10
Kandidat
Kurset udbydes under tompladsordningen
E5 (ons 8-17)
Campus Lyngby
Se engelsk version
13-uger
E5A, F5A
Skriftlig eksamen og bedømmelse af opgave(r)
20% afleveringer, 40% mundtlig eksamen baseret på poster-præsentation, 40% skriftlig eksamen
2 timer
Uden hjælpemidler
7-trins skala , intern bedømmelse
27636
02402/27026/27610/27626 , Basal forståelse for molekylær- og mikrobiologi (27026), basal statistisk forståelse (02402 el.lign.), basale programmering/​datahåndteringsfærdigheder (27610). Færdigheder i NGS dataanalyse svarende til 27626 er nyttige, basale NGS analyseteknikker vil kun blive opsummeret meget kort i kurset. Lab erfaring er ikke nødvendig. Mere information, se engelsk version
Minimum 10 Maksimum: 40
Josef Korbinian Vogt , Lyngby Campus, Bygning 204 , jkovo@food.dtu.dk
Marlene Danner Dalgaard , Lyngby Campus, Bygning 208, Tlf. (+45) 4525 6145 , mardal@bioinformatics.dtu.dk

36 DTU Bioinformatik
27 DTU Bioengineering
I studieplanlæggeren
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
Formålet med kurset er at give en solid forståelse for metagenomics, samt at give den studerende forståelse og erfaring med analysemetoder inden for bl.a. metagenom- og mikrobiomanalyse.

Kurset inkluderer en laboratoriedel, hvor mikrobiomprøver vil blive indsamlet af de studerende, forberedt, sekventeret og analyseret.

Efter kurset forventes det, at den studerende vil være i stand til at forklare de basale koncepter i forbindelse med metagenomics/​mikrobiomet, kan behandle metagenomics data og analysere mikrobiomdata. Dvs. at den studerende kan processere store mængder sekvensdata fra mikrobiomprøver, samt kan identificere mikrobielle organismer og foretage statistiske analyser af mikrobiomdata i forhold til fænotypiske data eller intervention data. Ydermere er det målet, at den studerende kan formulere videnskabelige spørgsmål, som kan belyses vha. mikrobiomdata.

Mere information, se engelsk version
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Forklare konceptet metagenomics og dets anvendelse
  • Diskutere metagenomics eksperimentelt design; fra sampling til sekventering
  • Forklare basalt metagenomics data fremstilling
  • Forklare fordele og begrænsninger ved mikrobiomdata
  • Udføre basal metagenome analyse
  • Forklare de basale principper for mikrobiomøkologi
  • Udføre beregninger af basale økologimål
  • Forklare de basale principper for kvantitative mikrobiomanalyse
  • Udføre basale kvantitative mikrobiomanalyse
  • Præsentere projekt arbejde mundtligt og på en poster
  • Forklare prøve preparation til sekventering
Kursusindhold
Se engelsk version
Sidst opdateret
30. juni, 2017