36612 High Performance Computing i Life Science

2017/2018

Kursusinformation
High Performance Computing in Life Science
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes under tompladsordningen
E2A (man 13-17)
Campus Lyngby
Forelæsninger og computerøvelser
13-uger
E2A, F2A
Bedømmelse af opgave(r)/rapport(er)
Alle hjælpemidler er tilladt
bestået/ikke bestået , intern bedømmelse
27610 , For at deltage i kurset skal man være vant til at programmere. Kendskab til Perl eller Python kræves.
Minimum 8 Maksimum: 30
Peter Wad Sackett , Lyngby Campus, Bygning 208, Tlf. (+45) 4525 2427 , pws@bioinformatics.dtu.dk

36 DTU Bioinformatik
I studieplanlæggeren
Overordnede kursusmål
Løfter den studerende fra at udvikle programmer på en personlig computer til design og implementation af life science projekter på supercomputere.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Forstå forskellen mellem en PC og en supercomputer.
  • Forstå og anvende et køsystem.
  • Designe programmer og programforløb som anvender et køsystem effektivt.
  • Implementere triviel parallel programudførsel på en node/computer.
  • Forstå betydningen af 'Divide and Conquer' paradigmet, konkretiseret ved Knapsack problemet.
  • Opnå kendskab til flere metoder for parallel problemløsning.
  • Forstå betydningen af IO og hukommelsesforbrug på et programs effektivitet.
  • Opnå en generel viden om forskellige databasesystemer.
  • Designe en database ud fra virkelige data og/eller modeller.
  • Kunne programmere imod relationelle databaser.
Kursusindhold
Kurset løfter den studerende fra at være den eneste bruger på en enkelt computer til at være en af mange brugere på en supercomputer. Det gøres ved forelæsninger og øvelser i emner som computerarkitektur, køsystemer, parallel programmering, algoritmedesign, programoptimering, database-design og anvendelse i teori og praksis.
Bemærkninger
Kurset anvender supercomputeren 'computerome' som øvelsesplatform.
Sidst opdateret
23. juni, 2017