At sætte den studerende i stand til at skrive Python programmer i et Unix miljø for at løse mindre bioinformatiske opgaver på struktureret vis, f.eks. i forbindelse med projektarbejde. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Anvende forskellige datatyper og indbyggede funktioner i Python.
• Demonstrere indsigt i struktureret problemløsning.
• Genkende mønstre i data og generalisere fra dem.
• Analysere og planlægge udførslen af et mindre computerberegningsprojekt.
• Designe og implementere en effektiv algoritme i Python.
• Opdele en beregningsopgave i subrutiner.
• Finde og rette fejl i et program baseret på dets opførsel.
• Evaluere programmers løbetid.
• Parse (læse og ekstrahere) (bioinformatiske data) filer for ønsket information.
• Definere og anvende regulære udtryk (computermønstergenkendelse).
• Skrive kode, så andre kan forstå den, og forstå andres kode.

Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og programmeringssproget Python, og følger basale programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og input/output redirection. I Python dækkes forskellige løkke- og kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (lists og dictionaries), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og manipuleret. En stor del af kurset er brugt på computerøvelser, som er integreret med forelæsningerne. De studerende skal i tomandsgrupper løse et mindre programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv designer. De skal også evaluere en anden gruppes projekt. De studerende vil regelmæssigt evaluere hinandens kode. 10. januar, 2018