At give de studerende en basal indsigt i den funktionelle diversitet og arts diversiteten af mikroorganismer (bakterier, archaea og svampe) med henblik på en forståelse af deres positive og negative roller i det omgivende miljø – herunder mennesket, og på en optimal udnyttelse af deres egenskaber til bioteknologiske formål. Udover et bredt kendskab til relevante mikroorganismer inkluderer kurset arbejde med fundamentale biologiske begreber, der er af stor værdi for alle bioteknologiske, medicinske, levnedsmiddelteknologiske, molekylære og mikrobiologiske fag. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Give et overblik over mikroorganismernes evolutionære diversitet.
• Give et overblik over mikrobiel fysiologisk diversitet.
• Redegøre for problemerne, der knytter sig til klassifikation og artsbegreb hos mikroorganismer.
• Designed forsøg og redegøre for metoder til at identificere mikroorganismer.
• Redegøre for mikrobielle interaktioner, herunder de molekylære mekanismer, som ligger til grund for dem
• Redegøre for basal mikrobiel økologi – herunder teknikker til at studere mikroorganismer in situ.
• Beskrive kommercielt vigtige mikroorganismer samt de processer, de indgår i
• Vurdere konventioner, der regulerer kommerciel udnyttelse af mikroorganismer.
• Beskrive forskellige screeningsmetoder for bioteknologisk og innovationsmæssigt relevante bakterier og svampe.
• Beskrive hvordan mikroorganismer med interessante egenskaber kan isoleres fra naturlige miljøprøver.
• Udarbejde en rapport om et relevant mikrobiologisk problem (herunder selv definere relevant formål) i samarbejde med andre kursusstuderende

Overordnet gennemgang af den mikrobielle diversitet, som foregår ved at belyse de fylogenetiske, taxonomiske og fysiologiske ligheder og forskelle mellem bakterier, archaea og svampe - med fokus på de bioteknologisk og medicinsk interessante mikroorganismer. Følgende områder vil herunder blive behandlet:
• Artsbegrebet. Evolutionært betinget klassifikation. Beskrivelse af nye arter. Fylogeni vs. klassisk taxonomi.
• Vigtige grupper af bakterier, archaea, og svampe og deres metabolisme.
• Gennemgang af biodiversitet fra individ til økosystem. Mikrobiel økologi.
• Isolering og identifikation af mikroorganismer og screening for ønskede egenskaber.
• Mikroorganismers ernæringsmæssige krav. Design af isoleringsmedier. Biokonsortier, habitater, inkuberingsbetingelser, stammesamlinger.
• Bioteknologisk udnyttelse af mikrobiel biodiversitet. Brock Biology of Microorganisms og udvalgte artikler 24. november, 2017