Formålet med kurset er at give de studerende det nødvendig kendskab og værktøjer til at værdsætte, identificere, fortolke og analysere mikrobielle populationer og mikrobielle processer i tekniske systemer og miljøer samt i menneskeskabt forstyrret naturlige miljøer. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Beskrive, identificere og nævne de væsentligste egenskaber for de større grupper indenfor archaea, bacteria, og mikroalger
• Nævne væsentlige biogeokemiske kredsløb; identificere de reaktioner, der er katalyseret mikrobielt, og beskrive de relevante enzymer og mikrober
• Nævne, forklare og beskrive de centrale metaboliske og respiratoriske omsætningsveje indenfor archaea og bacteria
• Anvende termodynamiske ligevægtsudtryk til at estimere gennemførligheden af forskellige biokemiske reaktioner
• Identificere, anvende og fortolke basale biokinetiske udtryk for mikrobiel vækst og samspil
• Illustrere og forudsige, hvordan forskellige mikrobielle processer er styret af miljøparametre
• Beskrive, identificere, nævne og skitsere nøgleprocesser og forhold, som styrer mikroorganismers opførsel på overflader, med hovedvægt på biofilm
• Beskrive og skelne mellem de forskellige ikke-cellulære livsformer (virus, plasmider, prioner etc.) og de mekanismer, som understøtter og overfører dem mellem organismer i mikrobielle samfund
• Differentiere , liste , og give virkemåde af selektive og ikke-selektive antimikrobielle stoffer - og diskutere emnet af antimikrobiel resistens
• Liste og anvende centrale koncepter og termer relevant for mikrobiologi i folkesundhed
• Identificere og forklare den biokemiske grundlag af følgende : fototrofi, kemotrofi, litotrofi, organotrofi, autotrofi, heterotrofi
• Ud fra simple systemobservationer at kunne analysere og beskrive de underliggende styrende mikrobielle processer og samspil

Kurset vil introducere mikrobielle principper i et miljømæssigt naturvidenskabeligt, teknologisk og sundhedsmæssigt perspektiv. Efter et kort overblik over den mikrobielle metabolismes diversitet, følger kvantitative aspekter af energetik, vækst og kinetik. Derefter vil der være fokus på principperne i mikrobiel økologi. Påvirkning af den mikrobielle aktivitet af fysiske og kemiske begrænsninger i miljøet bliver diskuteret, de mikrobielle resultater og vekselvirkninger bliver beskrevet og kvantifikationsmetoder for mængden af mikrobiel aktivitet i forskellige miljø matricer bliver indtroduceret. Herefter undersøges
de mikrobielle komponenter fra biogeokemiske cykluser samt den fysisk-kemiske effekt på mikrobers eksistens specielt med henblik på patogens skæbne og overlevelse. Generiske og specifikke fremgangsmåder til mikrobiel vækst kontrol og antibiotikaresistens diskuteres. Laboratorie øvelser er obligatorisk på kurset. Brock Biology of Microorganisms, Intnl Edition, 14th Edition. 29. september, 2017