Formålet med kurset er at opnå en grundlæggende forståelse for regulering i levende celler. Kurset vil fokusere på genetisk modellering og de molekylære byggesten (proteiner) anvendt på data fra regulerering af kollektiv opførsel i sammensatte cellulære systemer, f.eks. bakteriekolonier eller organer. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Anvende kinetiske ligninger på simple biokemiske reaktioner
• Modellere kollektiv opførsel af celler, f.eks. i bakterielle biofilm
• Analysere dynamik i dannelsen af bakterielle biofilm eller organer
• Forstå grundlæggende proteindynamik og -binding
• Have viden om udvalgte molekylært billeddannende teknikker
• Gennemgå og præsentere udvalgte videnskabelige artikler
• Formulere og implementere en computermodel af et udvalgt system
• Foretage kritisk vurdering af resultaterne

Vi introducerer de matematiske redskaber til modellering af kinetik, transportprocesser og molekylær dynamik. Metoderne anvendes på udvalget systemer, herunder kollektiv beslutningstagning (Quorum Sensing), biofilmdannelse, proteinkinetik og cellulær regulering.
Efterfølgende vil studenten blive bedt om at præsentere en udvalgt videnskabelig artikel. Den vil danne grundlag for et numerisk arbejde, som fremlægges ved eksamen. 05. december, 2016