At give den studerende en forståelse af bioinformatiske værktøjer samt at sætte den studerende i stand til at løse komplicerede bioinformatiske opgaver. En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Beregne parvis alignment-score givet et alignment, en substitutionsmatrix og et gap-penalty scoringssystem.
• Fortolke E-værdier og andet output fra en BLAST databasesøgning, specielt med henblik på at kunne finde databasehits som sandsynligvis er homologe til søge-sekvensen, samt at kunne foreslå en sandsynlig funktion for søge-sekvensen.
• Konstruere parvise og multiple alignments med passende computerprogrammer.
• Konstruere fylogenetiske træer ved brug af simple afstandsbaserede og maximum likelihood metoder.
• Bruge frit tilgængelige webservere til at forudsige en proteinfoldningstype og til at udregne en strukturmodel på basis af en proteinsekvens.
• Forklare de overordnede bioinformatiske principper bag genkendelse af proteinfoldningstyper.
• Forklare de enkelte trin i homologimodellering af proteinstruktur.
• Konstruere en vægtmatrix udfra et multipelt alignment, og bruge denne til at udregne similaritetsscoren for en given sekvens.
• Udføre genforudsigelse med internetværktøjer, og vise forståelse af outputtet.
• Beskrive hovedtrækkene i hvordan et neuralt netværk trænes og benyttes.
• Beskrive et antal metoder til at sammenligne genomer, og kunne diskutere de relative fordele og ulemper ved metoderne.

Kurset er et intensivt to-ugers PhD-kursus der dækker mange bredt inden for bioinformatik og systembiologi. Kurset udbydes i en on-site version såvel som en online version. Deltagere på online kurset følger de samme forelæsninger som deltagerne online via live videooptagelse. Både online og on-site deltagere forventes at møde til forelæsningerne i de to uger og at deltage i computerøvelserne hvor deltagerne bliver introduceret til en række computational metoder der bliver brugt inden for området. Online deltagerne kan kommunikere og stille spørgsmål under forelæsningerne via chat.

Kurset dækker biologiske makromolekyler fra sekvensanalyse over 3D-struktur til forståelse af biologisk funktion på det molekylære niveau. De følgende emner vil blive gennemgået:

- Nukleotid- og aminosyresekvenser: parvis alignment, databasesøgning, multiple alignment, sekventering, oversigt over databaser, genfinding, fylogenetisk rekonstruktion.
- Protein og DNA strukturer: strukturel alignment, homologimodellering, threading, overfladeforudsigelse, forudsigelse af protein sekundærstruktur, DNA krumning.
- Protein og genfunktion: protein dynamik, katalytiske mekanismer, bindingssites og bindingsenergier, docking, energiminimisering, strukturbaseret lægemiddeldesign, forudsigelse af genfunktion.

Kurset vil bestå af forelæsninger og computerøvelser, hvor de studerende vil blive introduceret til en række beregningsmetoder der benyttes i feltet, og til tilgængelige internetværktøjer.

Bemærkninger: Den studerende skal før kursets start forberede sig ved gennemlæsning af udsendt kompendiemateriale. Der er 40 pladser til kursusdeltagere on-site og 40 pladser til kursusdeltagere online.

Kursuspris 12.000
Kurset er gratis for PhD-studerende fra EU og EØS 02. december, 2016