English | Log ind

27636 Metagenom og Mikrobiom Analyse

2016/2017

Teknologisk specialisering, Bioteknologi
Teknologisk specialisering, Bioinformatik og Systembiologi
Pr. 1. september 2017 overgår kurset til DTU Bioinformatik og ændrer kursusnummer til 36636.
Kursusinformation
Metagenomics and Microbiome Analysis
Engelsk
10
Kandidat
Kurset udbydes under tompladsordningen
E5 (ons 8-17)
Campus Lyngby
Se engelsk version
13-uger
På kursets sidste dag
Mundtlig eksamen
Poster eksamen
7-trins skala , intern bedømmelse
27026024022761927624 , Kurset kræver at den studerende har basale færdigheder i Next Generation Sequencing dataanalyse svarende til 27026, basal forståelse for molekylær- og mikrobiologi (27026), basal statistisk forståelse (02402), basal programering/ datahåndteringsfærdigheder (27619 eller 27624). Basal NGS analyseteknikker vil kun blive opsummeret meget kort i kurset.
Minimum 10 Maksimum: 40
Josef Korbinian Vogt , Lyngby Campus, Bygning 208, Tlf. (+45) 4525 2426 , josef@bioinformatics.dtu.dk

27 Institut for Systembiologi
I studieplanlæggeren
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
Det menneskelige mikrobiom er en af tidens hotteste forskningsemner og menes at spille en vigtig rolle for en række sygdomme, bl.a. type 2 diabetes og andre metaboliske sygdomme, IBD, IBS, astma og børneautisme.

Formålet med kurset er at give en solid forståelse for mikrobiomet, samt at give den studerende forståelse og erfaring med analysemetoder inden for bl.a. metagenome og mikrobiomanalyse.

Kurset inkluderer en laboratoriedel, hvor mikrobiomprøver vil blive taget, klargjort, sekventeret og analyseret.

Efter kurset forventes det, at den studerende kan forklare basale koncepter om mikrobiomet, kan behandle metagenomics data og kan analysere mikrobiomdata i forhold til fænotypedata mm. Dvs. den studerende kan processere store mængder sekvensdata fra mikrobiomprøver, samt kan identificere og annotere mikrobielle organismer, samt foretage statistisk analyser af mikrobiomdata i forhold til fænootypedata eller intervention data. Ydermere er det målet, at den studerende kan formulere videnskabelige spørgsmål, som kan belyses vha. mikrobiomdata.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Forklare konceptet metagenomics og dets anvendelse
  • Diskutere metagenomics eksperimentelt design; fra sampling til sekventering
  • Forklare basalt metagenomics data fremstilling
  • Forklare fordele og begrænsninger ved mikrobiomdata
  • Udføre basal metagenome analyse
  • Forklare de basale principper for mikrobiomøkologi
  • Udføre beregninger af basale økologimål
  • Forklare de basale principper for kvantitative mikrobiomanalyse
  • Udføre basale kvantitative mikrobiomanalyse
  • Præsentere projekt arbejde mundtligt og på en poster
Kursusindhold
Se engelsk version
Sidst opdateret
02. november, 2017