27417 Videregående massespektrometri og kromatografi til metabolom og biokemiske analyser

2016/2017

Kurset udbydes ikke F17.
Kursusinformation
Advanced mass spectrometry and chromatography for metabolomics and biochemical analysis
Engelsk
5
Kandidat
Kurset udbydes under tompladsordningen
F2A (man 13-17)
Campus Lyngby
Kurset er en blanding af forelæsninger og laboratorieøvelser med efterfølgende dataanalyse. De studerende deles i hold af ca. 3 som skal aflevere ca. 2-4 rapporter i løbet af kurset.
13-uger
F2A
Mundtlig eksamen og bedømmelse af rapport(er)
15-20 min
Alle hjælpemidler er tilladt
7-trins skala , ekstern censur
26400 , Bestået 26316, 26317, eller 27412, desuden er 26411 også en fordel.
Minimum 8 Maksimum: 20
Kristian Fog Nielsen , kfn@bio.dtu.dk

27 Institut for Systembiologi
23 Fødevareinstituttet
I studieplanlæggeren
Dette kursus giver den studerende en mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
Overordnede kursusmål
De studerense skal opnå teoretiske og praktiske færdigheder så de kan bruge kromatografi og massespektrometri til analyser af organiske og bioorganiske molekyler. Baseret på forskellige target molekyler, skal de studerende lære at sætte instrumenterne op til de forskellige analyser, lave data analysen, foruden planlægge, udføre og validere prøveforberedelse i relation til aktiv forskning.
Læringsmål
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Forstå og udvælge den bedst mulige MS instrument til et givent analytisk problem (ion-trap, Quadrupole, TOF, Orbitrap etc, og koblede versioner af disse)
  • Analysere højopløsnings MS data incl. massedefekt, addukt data til at finde den rigtige elementar komposition
  • Kunne vælge den mest fordelagtige ioniserings teknik til en given stofklasse og analytisk problemstilling (MALDI, ESI, APCI etc)
  • At kunne opsætte kvantitative LC-MS og LC-MS/MS metoder incl. korrektion for matrix interferens både med og uden intern standard
  • Udvælge en passende prøveforberedelse incl. SPE (RP, NP, ion bytning, mixed mode, ion-pair) som skal bruges til at gøre prøver klar til for LC-MS og MALDI
  • Bruge LogD og pKa for en række analytter til at optimere væskekromatografi
  • Kunne foreslå forskellige derivatiserings teknikker med henblik på stabilisering af analytter til gaskromatografi og visualisering af analytter til HPLC-UV/Fluorescens.
  • Kunne fortolke og forudsige simple lige-ion MS/MS fragmenteriger
  • Kunne udvælge de mest fordelagtige kromatografiske metoder til en give analyse (reversed phase, ion-pair, ion-kromatografi, normal fase, ion-exclusion, og HILIC).
  • Kunne forholde sig kritisk til publicerede metoder, specielt deres specificitet
Kursusindhold
Forskere der arbejder med drug-discovery og udvikling, biokemi, cellefarbikker, synthetisk biologi, har brug for at identificere og i mange tilfælde også kvantificere produkterne samt evt. biprodukter.
Kurset fokuserer på MS teknikker kombineret med kromatografi til identifikation af både små molekyler (antibiotika, farmaceutika, sekundære metabolitter, primære metabolitter).

Øvelser på forskellige instrumenter (GC-MS, LC-QqQ, LC-QTOF og MALDI-TOF) vil være en integreret del af kurset. De studeende forventer at læse op på cases og planlægge eksperimenter i samarbejde med underviserne samt PhD studerende.
Sidst opdateret
09. januar, 2017