Next-Generation Sequencing (NGS) teknologier har transformeret den
måde som biologisk forskning bliver udført på og bliver i dag
anvendt indenfor næsten alle biologiske felter til banebrydende
opdagelser. I dag kan et menneskes genom sekventeres på meget kort
tid og til en pris omkring $1000, hvilket giver hidtil usete
muligheder for at undersøge menneskelige træk, evolution og
sygdomme. Derudover kan hele bakterielle samfund og deres
sammenspil med naturen studeres, hvilket leder til opdagelse af nye
enzymer og organismer. Da disse forsøg producerer store mængder af
data er bioinformatiske kompetencer og super computere altafgørende
for analyserne. Målet på kurset er at give de studerende kendskab
til NGS teknologien med fokus på analyse af data. Kurset vil
kvalificere på de studerende til at forstå NGS data og sætte dem i
stand til at analysere disse ved hjælp af Unix/Linux baserede
systemer og programmer. Den sidste halvdel af kurset er
projektarbejde der er baseret på de studerendes egen data eller
data fra offentlige databaser.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Redegøre for de forskellige NGS teknologier herunder de enkelte
styrker og svagheder.
Redegøre for de enkelte trin der generelt indgår i en NGS data
analyse.
Forklare de teoretiske koncepter bag alignment og de novo
assembly.
Anvende Unix-baseret software til at udføre en analyse af NGS
data.
Selvstændigt definere et spørgsmål indenfor feltet.
Anvende viden tillært i kurset til at løse spørgsmålet via et
projekt.
At kunne analysere og reflektere over resultater fra de
individuelle øvelser og det endelige projekt.
Samarbejde i grupper til at udføre projekt-arbejde og
kommunikere resultaterne på en poster.
Kursusindhold:
Teknologien bag 454, Illumina, Solid og Ion Torrent; Single
molecule sequencing; Quality Control; Error Correction; Alignment;
BAM processing; Genotyping; SNPs, Indels; de novo assembly; Human
sequencing; Bacterial sequencing; Ancient DNA; Metagenomics;
Genomic Epidemiology; RNAseq; Exome sequencing; Udarbejdelse af
projekt hvor NGS data analyseres; præsentation af poster.
Mulighed for GRØN DYST deltagelse:
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver
den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som
kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed,
klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
