Formålet med kurset er at opnå en grundlæggende forståelse for
regulering i levende celler. Kurset vil fokusere på genetisk
modellering og de molekylære byggesten (proteiner) anvendt på data
fra regulerering af kollektiv opførsel i sammensatte cellulære
systemer, f.eks. bakteriekolonier eller organer.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Anvende kinetiske ligninger på simple biokemiske
reaktioner
Modellere kollektiv opførsel af celler, f.eks. i bakterielle
biofilm
Analysere dynamik i dannelsen af bakterielle biofilm eller
organer
Forstå grundlæggende proteindynamik og -binding
Have viden om udvalgte molekylært billeddannende teknikker
Gennemgå og præsentere udvalgte videnskabelige artikler
Formulere og implementere en computermodel af et udvalgt
system
Foretage kritisk vurdering af resultaterne
Kursusindhold:
Vi introducerer de matematiske redskaber til modellering af
kinetik, transportprocesser og molekylær dynamik. Metoderne
anvendes på udvalget systemer, herunder kollektiv
beslutningstagning (Quorum Sensing), biofilmdannelse,
proteinkinetik, og cellulær regulering.
Efterfølgende vil studenten blive bedt om at præsentere en udvalgt
videnskabelig artikel. Den vil danne grundlag for et numerisk
arbejde, som fremlægges ved eksamen.
