Overordnede kursusmål:

Kursets overordnede mål er at give de studerende en grundig gennemgang af forskellige metodikker for biofilmdyrkning og analyse.

Deltagerne vil desuden have opnået kendskab til den generelle fysiologi af bakterier, der vokser som biofilm og specielle problemstillinger i forbindelse med behandling af patienter, der er inficeret med bakterier, der vokser som biofilm.

Læringsmål:

En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:

• Opstille biofilm flowcelle forsøg og udføre disse: Manipulation og monitoring af levende biofilm, antibiotika behandling af biofilm, viabilitetsmåling, on-line målinger af ilt i biofilm, høstning af biofilm.
• Udføre biofilm mikrotiterbakke-assay.
• Anvende avancerede optiske mikroskopiteknikker: Konfokal-mikroskopi og fluorescens-mikroskopi, time-lapse (konfokal) mikroskopi.
• Udføre Fluorescence In Situ Hybridisering (FISH) på embeddede biofilm.
• Udføre enkle biofilmforsøg med en ukendt organisme som deltagerne selv medbringer eller isolerer på stedet.
• Forstå chip-teknologi som værktøj til genetisk analyse.
• Udføre matematisk billedbehandling ved COMSTAT-analyse.
• Udføre digital billedpræparation og præsentation (Imaris).
• Præsentere biofilm resultater for en forsamling.

Kursusindhold:

Kurset er fokuseret på biofilm i en medicinsk kontekst med eksempler fra urinvejsinfektioner til cystisk fibrose. Teknikkerne inkluderer opsætning og kørsel af biofilm-flowcellesystemer, fluorescence in situ hybridisering, forskellige former for avanceredet afbildning, flowcytometri med mere. Kurset vil være praktisk med øvelser suppleret med forelæsninger af fremtrædende forskere inden for felterne medicinsk mikrobiologi og mikrobielle biofilm. Kursusindholdet kan variere en smule fra år til år.

Bemærkninger:

Kursusgebyr
DKK 7.000 (935 EUR) for deltagere fra academia.
DKK 12.000 (1600 EUR) for deltagere fra industrien og øvrige deltagere.
Ph.D. studerende fra danske undervisningsinstitutioner kan deltage gratis.
Gebyret dækker ikke ophold eller fortæring.

Kursusansvarlig:

Claus Sternberg , Bygning 301, Tlf. (+45) 4525 2770 , cst@bio.dtu.dk
Janus Anders Juul Haagensen, Stanford University, USA , haagensen@stanford.edu