Forelæsninger og computerbaserede øvelser. Det er obligatorisk,
at der afleveres en rapport over øvelserne, og at der deltages i
peer-assessment af tre rapporter.
Helgenom sekventering af mikroorganismer er de seneste år blevet et
realistisk alternativ til øvrige molekylære og fænotypiske tests.
Teknologien er blevet så billig at sekventeringsudstyr rykker ind
på hospitaler og fødevarelaboratorier. Udfordringen er ikke længere
at generere sekvensdataen, men at analysere den og trække relevant
information ud fra den store mængde data. I løbet af kurset vil de
studerende blive i stand til, på et overordnet plan, at redegøre
for den biologiske og genetiske baggrund for forskellige
mikroorganismers sygdomsfremkaldende potentiale og v.h.a. en række
web-baserede metoder analysere og fortolke mikrobiel helgenom data
i en klinisk og fødevaresikkerhedsmæssig sammenhæng.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Redegøre for forskellige former for helgenom
sekventeringsteknikker, samt kunne anvende data herfra til at samle
draft genomer v.h.a. web-baserede metoder. Vil desuden kunne
anvende simple mål for at evaluere kvaliteten af draft
genomerne.
Redegøre for det bakterielle artsbegreb, samt kunne anvende
web-baserede metoder til artsbestemmelse af bakterier ud fra
helgenom data.
Redegøre for virkningsmekanismer af antibiotika og andre
antimikrobielle stoffer, herunder bakteriofager, samt hvordan
antibiotikaresistensgener og andre gener udveksles imellem
bakterier.
Anvende web-baserede metoder til at identificere
antibiotikaresistensgener i helgenom data.
Anvende web-baseret metode til at identificere virulensfaktorer
i helgenom data fra en modelorganisme (Escherichia coli).
Generere en database med specifikke gensekvenser af interesse
og anvende den til at identificere generne i helgenom data.
Anvende web-baserede metoder til epidemiologiske undersøgelser
i forbindelse med mikrobielle udbrud og kunne fortolke resultaterne
i forhold til identifikation af smittevejen.
Anvende web-baserede metoder til at identificere indholdet i
metagenom prøver.
Anvende den opnåede viden og færdigheder til at udføre et
projekt og kommunikere resultaterne på en poster.
Kursusindhold:
Helgenom sekventeringsteknikker og assembly; bakteriel
artsbestemmelse; antibiotika – virkningsmekanismer, resistensgener
og virkningsmekanismer for resistens; virulensfaktorer; horisontal
genspredning; bakteriel subtypning; phylogenetiske træer;
epidemiologi; metagenomdata.
