E2B (tors 8-12) og E1B (tors 13-17)
Undervisningsperiode: 13/11, 20/11, 27/11, 4/12 (torsdage) in 2014
og 8/1, 12/1, 15/1 i 2015 (hhv. torsdage og en mandag) kl.
9-16
Særlig dag, Eksamen 22/1-2015. Reeksamen
26/2-2015.
Evalueringsform:
Eksamens varighed:
Hjælpemidler:
Bedømmelsesform:
Overordnede kursusmål:
Computerbaserede metoder spiller allerede nu en afgørende rolle
indenfor mikrobiologien, bioteknologien og lægemiddelforskningen.
Store internationale sekvens- og strukturdatabaser indeholder
information, som i mange tilfælde helt kan erstatte eksperimentelt
arbejde og i andre tilfælde bruges til at få langt mere ud af de
eksperimentelle ressourcer. Kursets mål er at således give de
studerende kendskab til en række nye metoder til molekylær
struktur- og sekvensanalyse. Bioinformatik er et praktisk
orienteret kursus med fokus på anvendelse af metoderne. En stor del
af undervisningen består af computer-øvelser, hvor metoderne læres
gennem praktisk brug.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Redegøre for hvordan informationen i biologiske
makro-molekyler, såsom DNA og protein kan repræsenteres i et
elektronisk format.
Redegøre for hvorledes en fælles evolutionshistorie påvirker
DNA og protein-skevens, i beslægtede organismer.
Søge efter data i de offentligt tilgængelige sekvens- og
struktur-databaser, såsom GenBank, UniProt og PDB.
Anvende programmer til visualisering af protein 3D
struktur.
Fremstille og kritisk evaluere kvaliteten af DNA- og
protein-alignments.
Søge i sekvensdatabaser med alignment-baserede metoder (BLAST)
og kritisk evaluere pålideligheden af resultaterne.
Bestemme den sandsynlige biologiske funktion af et ukendt gen
eller protein-produkt ud fra sammenligning med kendte gener /
proteiner.
Anvende programmer til fremstilling af multiple alignments af
grupper af beslægtede sekvenser – herunder at kende forskellen på
de to hovedgrupper af algorither: globalt optimerende og lokalt
optimerende.
Fremstille fylogenetiske træer ud fra multiple alignments.
Fremstille og tolke visualiseringer af informationsindholdet i
grupper af beslægtede sekvenser (”logo plots”).
En grundlæggende forståelse af neurale netværk (nn) og brugen
af enkelte nn web-servere.
Kursusindhold:
x
Bemærkninger:
Supplerende undervisningsmateriale: Introduction to protein science
by Arthur M. Lesk,
ISBN:978-0-19-954130-0
Mulighed for GRØN DYST deltagelse:
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver
den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som
kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed,
klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
