At sætte den studerende i stand til at skrive simple Perl
programmer i et Unix environment for at løse mindre bioinformatiske
opgaver på struktureret vis, f.eks. i forbindelse med
projektarbejde.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Anvende forskellige datatyper og indbyggede funktioner i
Perl.
Demonstrere indsigt i struktureret problemløsning.
Genkende mønstre i data og generalisere fra dem.
Analysere og planlægge udførslen af et mindre
computerberegningsprojekt.
Designe og implementere en effektiv algoritme i Perl.
Opdele en beregningsopgave i subrutiner.
Finde og rette fejl i et program baseret på dets opførsel.
Evaluere programmers løbetid.
Parse (læse og ekstrahere) (bioinformatiske data) filer for
ønsket information.
Definere og anvende regulære udtryk
(computermønstergenkendelse).
Skrive kode, så andre kan forstå den, og forstå andres
kode.
Kursusindhold:
Dette kursus giver en introduktion til elementær Unix og
programmeringssproget Perl, og følger basale
programmeringsprincipper og god programmeringspraksis. Unix
introduktionen dækker basale kommandoer, filmanipulation og
input/output redirection. I Perl dækkes forskellige løkke- og
kontrolstrukturer, indbyggede data- og tabeltyper (arrays og
hashes), regulære udtryk og avancerede datastrukturer. Som et
eksempel er almindelige bioinformatiske filformater parset og
manipuleret. En stor del af kurset er brugt på computerøvelser, som
er integreret med forelæsningerne. De studerende vil få et mindre
programmeringsprojekt under kurset, eventuelt et projekt de selv
designer.
Bemærkninger:
De studerende vil regelmæssigt evaluere hinandens kode.
