27622 Introduktion til bioinformatik - turbo version
27622 er en turbo version på master niveau af
13-ugers kurset "Introduktion til Bioinformatik" (27611).
Læseplanen og øvelser for første del er den samme som for 27611.
Den sidste del består af projektarbejde.
Eleverne bør blive fortrolige med grundlæggende computer-baserede
metoder til molekylær struktur og sekvensanalyse. Teorien bag
metoder præsenteres, men det primære fokus er på den praktiske
anvendelse af metoderne til et problem-baseret
forskningsprojekt.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Søg efter sekvens og struktur data fra offentlige tilgængelige
databaser, såsom GenBank, UniProt og PDB.
Visualiser protein 3D strukturer ved brug af PyMOL.
Generer og kritisk evaluer DNA og peptid alignments.
Visualiser genomisk data ved brug af UCSC genome browser.
Forudsige epitop bindingsaffinitet ved hjælp af web-baserede
værktøjer.
Forespørg sekvens databaser ved brug af alignment-baserede
metoder (BLAST) og kritisk evaluer resultaterne.
Forudsige den mest sandsynlige biologiske funktion af et hidtil
ukendt gen eller protein produkt ved sammenligning med allerede
karakteriserede gener/proteiner.
Generer multiple sekvens alignment med datasæt bestående af
beslægtede sekvenser ved hjælp af både lokal og global alignment
algoritmer.
Generer fylogenetiske træer fra multiple sekvens
alignments.
Generer logo plots til repræsentation af konserverede
sekvenser.
Udfør et bioinformatik baseret gruppeprojekt der vil involvere
adskillige analytiske metoder der skal presenteres både mundtligt
og på en poster.
Kursusindhold:
Se engelsk version.
Bemærkninger:
Se engelsk version.
Mulighed for GRØN DYST deltagelse:
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver
den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som
kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed,
klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
