Kursets overordnede mål er at de studerende skal opnå et grundigt
kendskab til de forskellige metoder der findes til microarray
analyse, samt at være i stand til at udføre computerbaseret
analyser af ekspressionsdata. Endvidere er det et mål at de
studerende lærer at formulere interessante problemer/spørgsmål som
kan belyses med ekspressionsanalyse.
Læringsmål:
En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
Redegøre for de enkelte trin der indgår i en generel microarray
analyse.
Forklare de overordnede teoretiske principper som ligger bag de
enkelte trin i analysen.
Redegøre for forudsætninger og antagelser bag de enkelte trin i
analysen.
Selvstændigt udføre en basal microarray analyse.
Opstille problemformuleringer som kan besvares vha. microarray
analyse.
Besvare de af den studerende formulerede
problemformuleringer.
Samarbejde i grupper om projektarbejde.
Indlæse og manipulere simple datastrukturer i den statistiske
programpakke R.
Kursusindhold:
Teknologien bag GeneChips og cDNA arrays; normalisering af data;
statistik signifikans af ekspressionsændringer; reduktion og
visualisering af store datamatricer: PCA, clustering;
promoter-analyse og funktionsanalyse; integrering af data; case
stories, problemformulering. Projekt arbejde: besvarelse af
problemformulering, som formuleres af en gruppe studerende i
samarbejde med underviserne. Poster præsentation af projekt.
BEMÆRKNINGER TIL TILMELDING TIL INTERNET-TRANSMISSION
For tilmelding til internet-transmission sendes senest 2 uger inden
ordinær tilmelding starter (dvs. senest 1.11.) en mail til
koordinator Dorthe Kjærsgaard dorthek@cbs.dtu.dk med dit fulde navn
og evt. studienummer. Efter modtaget bekræftelse tilmeldes kurset
på normal vis. Max 15 tilmeldinger til internet-transmission.
Bemærkninger:
Opgaverne/projekterne løses i grupper og den enkelte studerendes
bidrag skal i henhold til gældende regler kunne identificeres, så
hver studerende kan bedømmes individuelt.
En del af kursets opgaver og projektdelen indbefatter arbejde i det
statistiske miljø R (for onsite studerende forudsættes ingen
forhåndskendskab. Offsite (online) studerende forventes at være
trænede R brugere).
Mulighed for GRØN DYST deltagelse:
Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver
den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som
kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed,
klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk
